À la pointe du sé­quen­çage du gé­nome

Au­vergne­Rhône­Alpes pi­lote pour la mise en ac­tion du plan France Mé­de­cine gé­no­mique 2025

La Montagne (Clermont-Volcans) - - Région - Phi­lippe Cros

Le CHU de Cler­mont-Fer­rand et le centre Jean-Per­rin sont as­so­ciés au con­sor­tium ré­gio­nal sé­lec­tion­né par l’État pour être pi­lote dans le sé­quen­çage com­plet du gé­nome hu­main à très haut dé­bit. Un bond tech­no­lo­gique por­teur d’es­poirs pour les ma­lades.

Bien­ve­nue dans la mé­de­cine du fu­tur. En 2018, le CHU et le centre Jean­Per­rin de Cler­mont­Fer­rand se­ront lan­cés dans le sé­quen­çage com­plet du gé­nome hu­main à très haut dé­bit.

Pas évident pour le no­ni­ni­tié. Le pro­fes­seur Phi­lippe Va­go, cy­to­gé­né­ti­cien du CHU cler­mon­tois, et en­sei­gnant, nous sim­pli­fie l’en­jeu : « J’avais l’ha­bi­tude de dire à mes étu­diants que, à l’époque, on re­gar­dait la Terre de­puis la Lune quand on fai­sait un ca­ryo­type. Puis, avec les puces à ADN, on re­gar­dait la Terre de­puis la Terre avec une loupe. Main­te­nant, on re­garde la Terre de­puis la Terre mais avec un mi­cro­scope élec­tro­nique. Cette dé­mul­ti­pli­ca­tion est im­pres­sion­nante. »

In­clus dans le con­sor­tium au­ver­gnat­rhô­nal­pin Au­ra­gen – qui ras­semble quatre CHU de la ré­gion, les deux centres de lutte contre le can­cer, les uni­ver­si­tés et un par­te­naire in­dus­triel – les deux éta­blis­se­ments au­ver­gnats sont co­lau­réats de l’ap­pel à pro­jets na­tio­nal, dans le cadre du plan France Mé­de­cine gé­no­mique 2025. Deux pla­te­formes pi­lotes ont été choi­sies : celle d’Au­vergne­Rhône­Alpes et celle pro­po­sée par la ré­gion pa­ri­sienne. Cha­cune de ces pla­te­formes, qui re­ce­vront des pré­lè­ve­ments san­guins et de tis­sus de toute la France, au­ra pour mis­sion de sé­quen­cer et d’in­ter­pré­ter l’équi­valent de 18.000 gé­nomes par an. À l’ho­ri­zon 2025, douze pla­te­formes sont an­non­cées avec l’am­bi­tion de trai­ter 300.000 pa­tients an­nuels.

On ne vous parle pas de re­cherche fon­da­men­tale : l’ob­jec­tif est d’être utile aux ma­lades, avec la pos­si­bi­li­té de dé­cou­vrir de « nou­velles stra­té­gies de mé­di­ca­ments » avec une puis­sance d’ana­lyse beau­coup plus im­por­tante.

« Can­cers hau­te­ment ré­sis­tants »

« Sur le can­cer, on a choi­si des can­cers hau­te­ment ré­sis­tants ou des ma­la­dies que l’on sait très com­plexes, comme cer­taines tu­meurs cé­ré­brales ou la tu­meur du pan­créas qu’on ne sait pas très bien trai­ter, dé­taille Fré­dé­rique Pe­nault­Llor­ca, di­rec­trice du centre Jean­Per­rin. Pour les tu­meurs sur les­quelles ont fait dé­jà des ana­lyses gé­né­tiques, on conti­nue­ra sur nos pla­te­formes lo­cales. Et si on ne trouve au­cune ano­ma­lie, on fe­ra des ana­lyses plus pous­sées sur les nou­velles pla­te­formes. »

Avec des ana­lyses « plus larges mais aus­si plus pro­fondes », l’es­poir est d’al­ler cher­cher des ano­ ma­lies jus­qu’à pré­sent im­pos­sibles ou dif­fi­ciles à iden­ti­fier. Il se­ra éga­le­ment pos­sible de s’at­ta­quer aux ma­la­dies congé­ni­tales et rares et, plus tard, à des ma­la­dies « com­munes », comme le dia­bète et les ma­la­dies car­diaques.

Le centre Jean-Per­rin réa­lise des ana­lyses gé­né­tiques. Le pro­jet Au­ra­gen per­met­tra des ana­lyses « plus larges mais aus­si plus pro­fondes ».

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