LES MI­CROBES, NOU­VELLES STARS DES LA­BO­RA­TOIRES

La connais­sance et le trai­te­ment de notre flore mi­cro­bienne — qui pèse 1,5 kg dans le corps d’un adulte —, sont de­ve­nus l’un des do­maines les plus pro­met­teurs des bio­tech­no­lo­gies. Les jeunes pousses du sec­teur com­mencent à in­té­res­ser les « big phar­mas » e

La Tribune Hebdomadaire - - TEMPS FORTS - PAR FLO­RENCE PI­NAUD @Flo­ren­cePi­naud

La connais­sance et le trai­te­ment de notre flore mi­cro­bienne sont de­ve­nus l’un des do­maines les plus pro­met­teurs des bio­tech­no­lo­gies. Les jeunes pousses du sec­teur com­mencent à in­té­res­ser les « big phar­mas » et les grands noms de l’agroalimentaire.

Avec l’ex­pan­sion ra­pide du vi­rus Zi­ka et l’ar­ri­vée de l’épi­dé­mie an­nuelle de grippe, la pro­mo­tion des mi­crobes n’est certes pas dans l’air du temps. Et pour­tant! La flore mi­cro­bienne qui co­lo­nise nos or­ga­nismes est l’un des do­maines de re­cherche les plus pro­met­teurs de l’uni­vers des bio­techs. Sa connais­sance pour­rait faire émer­ger de grandes in­no­va­tions thé­ra­peu­tiques pour pré­ve­nir les ma­la­dies et se soi­gner par… mi­crobes in­ter­po­sés. Re­bap­ti­sés « mi­cro­biotes » et sou­vent évo­qués sous le nom gé­né­rique de « mi­cro­biome », ces mil­liards de mi­crobes confor­ta­ble­ment ins­tal­lés dans nos tis­sus, de­viennent les nou­velles stars des la­bo­ra­toires. D’après les der­nières dé­cou­vertes, ils par­ti­cipent ac­ti­ve­ment à la pro­tec­tion de notre san­té, à tel point que leur dés­équi­libre peut nous rendre ma­lades. Dans le sillage de la re­cherche, le monde in­dus­triel com­mence à y dé­ce­ler un vrai po­ten­tiel éco­no­mique. Dé­jà Nest­lé et Da­none, qui se pré­sentent comme des en­tre­prises de san­té plus que comme des groupes agroa­li­men­taires, ont ins­crit le mi­cro­biote dans leurs prio­ri­tés de re­cherche en in­terne ou en s’as­so­ciant à l’Ins­ti­tut na­tio­nal de re­cherche agro­no­mique (In­ra) au­tour du dé­cryp­tage me­ta­gé­no­mique des mi­crobes. Ob­jec­tif : un nou­veau dé­ve­lop­pe­ment pour les ali­ca­ments. Des grands noms de la cos- mé­tique comme L’Oréal ou Pierre Fabre ont aus­si ap­pris à as­so­cier la flore cu­ta­née à leurs nou­velles for­mu­la­tions (lire ci-contre l’en­ca­dré sur la cos­mé­tique mi­cro­bio­tique). Un nou­vel uni­vers thé­ra­peu­tique est lit­té­ra­le­ment en train d’émer­ger. Comme l’ont dé­cou­vert les cher­cheurs à la fin du siècle der­nier, nous hé­ber­geons des mil­liards de mi­crobes sur notre peau, dans notre es­to­mac, nos in­tes­tins, notre bouche, nos pou­mons, etc. Cette mi­cro­po­pu­la­tion est consti­tuée de bac­té­ries, de vi­rus, de cham­pi­gnons et de le­vure. Comme ils ne sont pas dan­ge­reux là où ils se trouvent, le sys­tème im­mu­ni­taire les laisse tran­quille­ment se dé­ve­lop­per : tous ces mi­crobes réunis re­pré­sentent près de 1,5 kg dans le poids d’un adulte! De plus en plus de cher­cheurs consi­dèrent le mi­cro­biote de nos in­tes­tins comme un nou­vel or­gane. De par la pré­sence de neu­rones dans le sys­tème di­ges­tif, il agit di­rec­te­ment sur le cer­veau en en­voyant des si­gnaux qui vont de l’op­ti­misme à l’an­goisse.

« LE CHARME DIS­CRET DE L’IN­TES­TIN »

Très ré­gu­liè­re­ment, des ana­lyses montrent son im­pli­ca­tion pro­bable dans dif­fé­rentes ma­la­dies. Avec son livre Le charme dis­cret de l’in­tes­tin, la jeune doc­to­resse al­le­mande Giu­lia En­ders a po­pu­la­ri­sé dans le monde en­tier cette thèse qui fait de notre ventre et de son mi­cro­biote notre « deuxième cer­veau », res­pon­sable de notre bien-être. Si cette nou­velle ten­dance bio­techs sus­cite l’in­té­rêt des in­dus­triels, c’est d’ailleurs parce que l’on connaît de mieux en mieux ces mi­crobes. Pen­dant long­temps, ils ont été dif­fi­ciles à iden­ti­fier car la ma­jo­ri­té mou­rait une fois ex­traite de l’or­ga­nisme. Mais de­puis l’achè­ve­ment du dé­cryp­tage du gé­nome hu­main en 2003, les équi­pe­ments ul­tra­mo­dernes de sé­quen­çage et d’exo­lo­ra­tion (scree­ning) haut dé­bit ont per­mis de faire des pro­grès. De­puis 2008, deux consor­tiums scien­ti­fiques ex­plorent le mi­cro­biome : le Hu­man Mi­cro­biome Pro­ject lan­cé aux ÉtatsU­nis par le Na­tio­nal Ins­ti­tute of Health (NIH) et le Me­taHIT eu­ro­péen sou­te­nu, chez nous, par l’In­ra. Leur but : iden­ti­fier l’en­semble des mi­cro-or­ga­nismes qui peuplent nos mi­cro­biotes et dé­ter­mi­ner leur fonc­tion pré­cise sur notre san­té. Et comme une par­tie seule­ment de ces mi­crobes sont com­muns à tous les hu­mains, il fau­dra de nom­breuses ana­lyses pour connaître l’en­semble des bac­té­ries, des vi­rus et autres pa­ra­sites qui aiment pros­pé­rer dans le corps des hu­mains. Cette ex­plo­ra­tion est l’une des mis­sions prin­ci­pales du pôle MetaGenoPolis. Cette pla­te­forme de l’In­ra pour­suit les re­cherches lan­cées dans le cadre du consor­tium Me­taHIT. Sous un sta­tut pu­blic/pri­vé, elle a éla­bo­ré une mé­tho­do­lo­gie de con­ser­va­tion et d’ex­plo­ra­tion gé­né­tique très pré­cise du mi­cro­biote in­tes­ti­nal par me­ta­gé­no­mique. Elle est au ser­vice des cher­cheurs, star­tups et in­dus­triels tra­vaillant au­tour de cet or­gane. Ar­dent pro­mo­teur de l’équi­pe­ment, le Pr Sta­ni­slav Dus­ko Ehr­lich est l’un des pion­niers eu­ro­péens de la re­cherche sur le su­jet. Se­lon ce pas­sion­né, les pos­si­bi­li­tés d’ap­pli­ca­tion sont larges : « On voit se dé­ve­lop­per un pro­to­cole ca­pable de diag­nos­ti­quer une cir­rhose du foie non plus par biop­sie mais à par­tir d’un simple échan­tillon de selles. Un ins­ti­tut pa­ri­sien tra­vaille aus­si à la pré­ven­tion de ma­la­dies chro­niques comme le dia­bète, grâce à une cor­rec­tion des mi­cro­biotes ap­pau- vris avec un ré­gime ali­men­taire spé­ci­fique riche en pro­téines et en fibres. Au­tant d’in­di­ca­tions qui per­met­tront peut-être de faire des éco­no­mies de dé­penses de san­té. » Pour Se­ven­ture éga­le­ment, le mi­cro­biote est un su­jet por­teur. Le ges­tion­naire de fonds de ca­pi­tal-risque a mi­sé très tôt sur ce sec­teur, et a lan­cé un fonds spé­ci­fique sur les sciences de la vie : Health for Life Ca­pi­tal, do­té de 160 mil­lions d’eu­ros, dont une grande par­tie des in­ves­tis­se­ments sont consa­crés à ces re­cherches. « La com­po­si­tion du mi­cro­biome hu­main et ses ef­fets sur la san­té sont un point es­sen­tiel de la re­cherche et du dé­ve­lop­pe­ment de l’in­dus­trie agroalimentaire, phar­ma­ceu­tique et du diag­nos­tic, af­firme Isa­belle de Cré­moux, pré­si­dente du di­rec­toire. C’est pour­quoi des in­dus­triels pres­ti­gieux, tels No­var­tis ou Da­none, ont in­ves­ti si­gni­fi­ca­ti­ve­ment dans notre fonds. Les ap­pli­ca­tions po­ten­tielles sont mul­tiples. Le mi­cro­biome en­tre­rait en jeu dans le dé­ve­lop­pe­ment de ma­la­dies chro­niques, in­flam­ma­toires, mais aus­si psy­chia­triques, comme l’au­tisme ou l’Alz­hei­mer, et au­to-im­munes comme la sclé­rose en plaques, par exemple. »

DES AP­PROCHES THÉ­RA­PEU­TIQUES NO­VA­TRICES

Pour de nom­breux ob­ser­va­teurs, la connais­sance du mi­cro­biote va conduire à des ap­proches diag­nos­tiques et thé­ra­peu­tiques nou­velles. En ce dé­but d’an­née, une dé­cou­verte de l’im­pli­ca­tion de cer­taines bac­té­ries de l’es­to­mac contre le dé­ve­lop­pe­ment de mu­ta­tions can­cé­reuses a été par­ti­cu­liè­re­ment re­mar­quée. « Les grands phar­mas com­mencent à in­ves­tir sur ces re­cherches comme le font John­son & Jonh­son, Pfi­zer et AbbVie, ob­serve El­sy Bo­glio­li, di­rec­teur gé­né­ral as­so­cié du Bos­ton Con­sul­ting Group (BCG). La dis­ci­pline in­té­resse aus­si l’agroalimentaire. Nest­lé vient d’in­ves­tir 54,6 mil­lions d’eu­ros dans Seres The­ra­peu­tics, une jeune en­tre­prise de thé­ra­pie nu­tri­tion­nelle ba­sée aux États-Unis. Cette so­cié­té très en vue mise sur l’ad­mi­nis­tra­tion de bac­té­ries vi­vantes pour soi­gner des in­fec­tions no­so­co­miales ou évi­ter des pro­blèmes de san­té. » Les con­sul­tants res­tent ce­pen­dant pru­dents dans leurs pré­dic­tions : pas ques­tion de nour­rir la nais­sance d’une quel­conque bulle car il est en­core un peu tôt pour par­ler de ré­vo­lu­tion mé­di­cale. « Le mi­cro­biote est fa­cile à ex­traire, c’est l’or­gane par­fait pour me­ner des es­sais cli­niques, ob­serve Ma­ga­li Ri­chard, di­rec­trice de pro­jet chez BCG. Mais le phé­no­mène com­porte une in­con­nue : l’am­pleur de son im­pact sur la san­té. Même si le mi­cro­biote

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