19.
Téměř stočlenný tým vyšetřovatelů zahájil pátrání hned po útoku, parašutisty ale nakonec nenašel
Zpráva z 27. května 1942 o dopolední přestřelce v centru Prahy, která způsobila Reinhardu Heydrichovi vážné zranění, přišla jako blesk z čistého nebe. Mobilizační schopnost nacistického aparátu ale byla neuvěřitelně rychlá. Říšský vůdce SS Heinrich Himmler se o útoku dozvěděl během třiceti minut a už v poledne byl pod jeho vedením vytvořen téměř stočlenný tým, do kterého byli zařazeni nejlepší vyšetřovatelé pražského gestapa a kriminální policie. Dalších asi dvacet úředníků tajné policie bylo povoláno během dalších dnů z Berlína, Drážďan, Liberce a Karlových Varů.
Do čela vyšetřovací komise byl dosazen člen tajné policie kriminální komisař Heinz Pannwitz, na místo atentátu byl okamžitě povolán i vyšetřovatel-fotograf tajné policie Adolf Dauer, jenž mezi polednem a časným odpolednem pořídil snímky celého místa útoku. Ve 14 hodin se konala mimořádná porada nejvyššího velení protektorátu za účasti Karla H. Franka, Horsta Böhma, Hanse-Ulricha Geschkeho, Josefa Witisky a Wilhelma Schultzeho. Hned poté byla zpráva o útoku odvysílána rozhlasem. Pannwitz přednesl dosavadní zjištění policejního pátrání a navrhl noční pátrací akci po celé Praze.
Odplata: 10 000 lidí pro výstrahu okamžitě zatknout, 100 popravit
O nejbližších opatřeních rozhodl sám říšský kancléř Adolf Hitler, jehož pokyny byly stvrzeny Himmlerovým telegramem z 27. května. Podle něj se měli „v rámci nařízeného počtu 10 000 rukojmích zatknout na prvním místě příslušníci celé opoziční české inteligence; z hlavních protivníků v řadách této české inteligence zastřelit už dnes v noci sto nejdůležitějších“.
Útok ale Hitlera přivedl i k jednomu rozčilenému projevu: „Jelikož příležitost dělá nejen zloděje, ale i atentátníky, jsou heroická gesta jako jezdit v otevřeném neopancéřovaném voze nebo chodit pěšky bez ochrany ulicemi Prahy pitomostí, která národu k ničemu není. Kde není bezpodmínečné nutné, aby se tak nenahraditelný muž jako Heydrich vystavoval nebezpečí, může být takové chování odsouzeno pouze jako hloupost či tupost. Muži Heydrichova politického formátu si musí být vědomi, že je na ně číháno jako na zvěř a že bezpočet lidí se zaobírá myšlenkami, jak by je mohli zabít. (...) Dokud nebudou poměry v německém životním prostoru absolutně upevněné a dokud nebude německý lid dokonale vyčištěn od cizozemské chátry, musí být každý vedoucí muž opatrný. To je v zájmu národa bezpodmínečné nařízení.“
Do 31. května disponovala tajná policie 198 udáními, která se týkala věcí nalezených na místě útoku nebo podezřelých osob v okolí udavačů. Ze strachu se na policii přihlásili dokonce i uprchlí britští váleční zajatci Adolf Klein a Ronald Littledale. Jako zavádějící se ukázal prověřovaný dálkový hovor uskutečněný 27. května v blízkosti místa atentátu i podezřelý telegram z Rakouska s datem 31. května 1942. Všechny stopy byly liché. Nepomohlo ani vypsání odměny ve výši 10 milionů protektorátních korun za informace, které povedou k dopadení pachatelů.
Drama Jindřišky Novákové
Až když gestapo vystavilo 1. června předměty z místa atentátu ve výloze obchodu Baťa na Václavském náměstí, přihlásila se svědkyně Cecílie Adamová, která viděla mladou dívku odvážet zakrvácené pánské kolo u libeňské pobočky
firmy Baťa. Dva dny nato proběhlo rozsáhlé pátrání po této dívce, jíž byla ve skutečnosti čtrnáctiletá Jindřiška Nováková. Její rodiče Gabčíkovi a Kubišovi pomáhali a pro kolo, kterého se Kubiš při útěku z místa útoku potřeboval zbavit, ji poslali. I přes následující nervydrásající rekognici – konfrontaci se svědkyní – nebyla Jindřiška ve skupině dívek poznána a neprozradila se (po pozdějším dopadení parašutistů ale zahynula s celou rodinou v Mauthausenu).
Tajná policie se opět dostala do slepé uličky. Naději vzbudil až zachycený tajuplný dopis ve firmě Palaba ve Slaném pro Annu Maruščákovou, který nacisty navedl ještě téhož večera do Lidic.
Heydrichova smrt 4. června zvýšila tlak na úspěšné vyšetření případu, to se však nehýbalo kupředu. Nepomohla ani akce „odplaty“v Lidicích 10. června (viz článek dole), o které nejen vyšetřovací
tým, ale i nacistické vedení musely vědět, že je důkazně naprosto nepodložená. Šéf pražského gestapa Geschke přišel s návrhem zatknout příbuzné dosud identifikovaných parašutistů, mezi které patřila v prvé řadě rodina Josefa Valčíka a později i Jana Kubiše.
Když ale ani stupňující se perzekuce nepřiměly útočníky a jejich podporovatele, aby se dobrovolně přihlásili, přistoupili nacisté k pro ně pokořujícímu kroku: vládní rada Wolfgang Berger navrhl 12. června, aby byla pro pomocníky útočníků vyhlášena časově omezená amnestie, pokud podají relevantní údaje. Následující den vstoupila amnestie v platnost. Teprve tento krok přinesl zásadní zlom ve vyšetřování: 16. června krátce po poledni vstoupil do úřadovny pražského gestapa v Petschkově paláci Karel Čurda, jeden z parašutistů, aby se dobrovolně přihlásil.