První ze Tří králů
Jeho tehdejší velitel generál Šára o něm později napíše, že byl v „bojích na Ukrajině, centrálním Rusku a na Sibiři vždy odhodlaný a chrabrý“.
Po návratu do vlasti se Balabán rozhodl setrvat v armádě a byl přidělen k 1. dělostřeleckému pluku se sídlem v Praze Ruzyni. Ačkoliv byl hodnocen jako „velice snaživý, svědomitý, spolehlivý důstojník a výborný dělostřelecký instruktor“, pro vstup mezi armádní generalitu neměl požadované vzdělání. Zastával tedy různé velitelské hodnosti u 1. dělostřeleckého pluku a od roku 1929 působil na ministerstvu národní obrany, a to nejprve jako referent a posléze jako přednosta dělostřeleckého oddělení; v červenci 1936 byl povýšen na podplukovníka. Nadřízení jej tehdy oceňovali jako člověka pevného charakteru a výborných morálních kvalit, připisovali mu vysokou přirozenou inteligenci a v neposlední řadě veselou povahu.
V březnu 1924 se Josef Balabán oženil s o deset let mladší Annou Polívkovou, v únoru následujícího roku se jim narodila dcera. Manželství však bylo v červnu 1931 rozvedeno a Balabán poté navázal partnerský vztah s Josefou Kochmannovou, která mu v dubnu 1933 porodila další dceru Hanu. Ta byla však dána na vychování do jiné rodiny a o tom, kdo je její biologický otec, se dozvěděla až v dospělém věku.
Právě se svou přítelkyní Josefou Kochmannovou trávil Balabán pohnuté chvíle v noci ze 14. na 15. března 1939. Podle jejího svědectví byli přítomni pálení dokumentů na dvoře budovy generálního štábu: „Pak se hrála hymna. To bylo v době, kdy sem už šli Němci, já jsem stála s Balabánem, on – byl v civilu – držel klobouk v ruce a zpíval. A já s ním. Oba jsme plakali a pak všichni řekli: Přísaháme, že budeme proti Němcům bojovat. A Balabán zvedl ty dva prsty a křičel: Přísahám. (…) A když se to pak rozešlo, šli jsme – to už bylo k ránu – na vyhlídku na Letnou a tam Balabán říkal: Co tě čeká, naše vlasti, co asi bude? Bude to těžká práce, to víš, možná že nasazujeme život, je to strašný boj, ale národ prostě nemůžeme nechat Němcům napospas.“
Balabán tak prakticky vstoupil do odboje hned v prvních hodinách okupace. V rámci vojenské odbojové organizace Obrana národa dostal za úkol vybudovat ilegální pluk v Praze VII, zároveň měl však jako úředník likvidovaného ministerstva obrany vliv na rozmisťování důstojníků do civilních povolání, což činil s ohledem na jejich budoucí uplatnění v odboji. Z podplukovníka Balabána se tak stala jedna z klíčových osobností připravovaného střetnutí s okupační mocí. Když byla na přelomu let 1939 a 1940 gestapem zlikvidována první garnitura vedení Obrany národa, postoupil Balabán do jejího nejvyššího vedení a na jaře 1940 se stal náčelníkem jejího generálního štábu.
Tři králové českého odboje
V té době mu již stáli po boku dva spolupracovníci – podplukovník Josef Mašín a štábní kapitán Václav Morávek, se kterými vytvořil dnes již legendární odbojovou skupinu nazývanou Tři králové. Po rozsáhlém zatýkání v řadách Obrany národa a porážce Francie na jaře 1940 přešla důstojnická odbojová organizace na jiný typ odbojové práce, jelikož očekávané povstání proti okupantům ztrácelo na aktuálnosti a efektivnější byly malé zakonspirované skupiny. Josefa Mašína poznal Balabán již v ruských legiích a během pozdější společné služby v 1. dělostřeleckém pluku se stali přáteli. O deset let mladšího Václava Morávka si pak Balabán všiml coby jednoho z nejlepších dělostřeleckých důstojníků během předválečné služby na ministerstvu obrany.
Balabán, Mašín a Morávek tvořili dohromady akceschopný tým, zároveň ale každý z nich disponoval vlastní sítí spolupracovníků. Jejich činnost zasahovala činnosti od znovubudování zdecimované ilegální armády přes vydávání ilegálního tisku, shromaždování zbraní či organizaci odchodů ohrožených odbojářů do exilu až po provádění sabotáží.
Klíčovou aktivitu představovala zpravodajská činnost – Tři králové shromažďovali zprávy nejen o zbrojní výrobě, ale i o každodenním životě a náladách obyvatelstva v protektorátu, které byly důležité pro představitele londýnské exilové vlády. Tyto zprávy byly zasílány do zahraničí jednak prostřednictvím kurýrů, jednak pomocí ilegální radiovysílačky Sparta. Byly většinou adresovány plukovníku Moravcovi, generálu Ingrovi nebo prezidentu Benešovi. V létě 1940 pak Moravec požádal Balabána, aby navázal kontakt s pražským rezidentem Abwehru Paulem Thümmelem, kterého považoval za svého nejvýznamnějšího agenta. Tuto spolupráci navázal a udržoval Václav Morávek. A byl to právě Thümmel, kdo vymyslel označení legendární odbojové skupiny – v popisu práce měl mimo jiné pátrání po organizátorech českého odboje a při komunikaci s gestapem označoval Balabána, Mašína a Morávka za „tři svaté krále českého odboje“.
V souvislosti s touto skupinou bývají často zmiňovány i humorné kousky, které Tři králové prováděli gestapu. Po Praze údajně chodili v přestrojení za Němce a gestapu posílali nejen výsměšné dopisy, ale i čísla ilegálního časopisu V boj jakožto „povinné výtisky“. Vrcholem se stalo setkání s komisařem gestapa Oskarem Fleischerem, jemuž měl Morávek na ulici zapálit doutník, o čemž pak gestapo informoval dopisem. Ačkoliv tyto odvážné kousky ohrožovaly odbojovou práci, Balabán je toleroval. Sám měl totiž smysl pro humor, což je zřejmé z jednoho dopisu generálu Ingrovi: „A až nám zde bude voda sahat po krk, do bot nám již natekla, spoléháme, že nás zde nenecháte chcípnout a že naši kluci přistanou pěkně na Vypichu, my tam s kuférečky papíru vlezem a pojedem k Vám, provázeni salvami oslavných výstřelů německé soldatesky.“
Na jaře 1940 přispěl Balabán zásadním způsobem ke vzniku zastřešujícího orgánu domácího nekomunistického odboje nazvaného ÚVOD. Balabán se tak stal mluvčím vojenského odboje a vyjadřoval se v komunikaci s exilem k otázkám, jako bylo poválečné uspořádání, vysídlení sudetských Němců či potrestání zrádců a kolaborantů. Balabán byl též ve spojení s pracovníky sovětského konzulátu v Praze a od léta 1940 se přímo scházel se sovětskými zpravodajci. V radiotelegrafické komunikaci s Londýnem na jedné straně plédoval pro navázání bližší spolupráce s Moskvou, na druhé varoval Beneše před sovětskými expanzivními tendencemi. Naposledy se Balabán sešel se zástupcem Sovětů 15. dubna 1941, aby mu předal zprávu o chystaném útoku nacistického Německa na SSSR.
Josefu Balabánovi se nakonec stala osudnou jeho snaha o integraci odbojových skupin. Na jaře 1941 se několikrát sešel s konfidentem gestapa, který se vydával za emisara odbojové skupiny. Ve večerních hodinách 22. dubna 1941 byl Balabán za přispění tohoto konfidenta zatčen, aniž by byl varován Paulem Thümmelem. Byl krutě vyslýchán, přesto vyšetřovatelům neprozradil nic. Po příjezdu Heydricha do Prahy a vyhlášení stanného práva byl spolu s dalšími veliteli Obrany národa odsouzen k trestu smrti.
Před popravčí četou stanul Josef Balabán 3. října 1941 v 16 hodin v ruzyňských kasárnách.