Princ od Tobruku
s manželkou a dětmi přestěhoval do Francie, kde jej zastihl začátek války.
Již 4. září 1939 se dal k dispozici čs. vyslanectví v Paříži a v polovině dubna 1940 nastoupil službu u čs. jednotek v jihofrancouzském Agde. Po porážce Francie odjel na Britské ostrovy, avšak krátce na to byl odeslán na Střední východ, kde se ve stejné době formovala čs. vojenské jednotka. Lobkowicz u ní pod krycím jménem „de Lorme“působil jako styčný důstojník a v konzervativním britském prostředí jí prokázal neocenitelné služby. V řadách 11. čs. pěšího praporu – Východního pod velením pplk. Karla Klapálka – se zúčastnil bojů v Sýrii a v říjnu 1941 s ním odjel do obleženého Tobruku. Zde prokázal velkou osobní odvahu a byl dvakrát zraněn. Jako vůbec jediný čs. voják v letech 2. světové války byl vyznamenán současně československým, polským i britským válečným křížem.
Na návrh Jana Masaryka odjel v létě 1942 z Palestiny do Washingtonu, kde byl přidělen k úřadu vojenského a leteckého přidělence čs. vyslanectví. Díky svým předválečným kontaktům, rodinným vazbám, ale i jménu mu byly otevřeny dveře na místech, kam by se řadový československý diplomat dostal jen stěží. Demobilizoval v září 1945 v hodnosti kapitána. Odjel z USA do Evropy, avšak do Československa se již natrvalo nevrátil. Zemřel 2. ledna 1959 v západoněmeckém Freiburgu im Breisgau, krátce před sňatkem svého nejstaršího syna Eduarda, který za války bojoval v řadách americké armády, s Marií de Bourbon-Parma, neteří posledního rakouského císaře a českého krále.