Pääepäillyt
James Jesus Angleton
Monet ovat epäilleet, että vuosina 1064–1974 CIA:n vastavakoilun johtajana toiminut James Jesus Angleton oli John F. Kennedyn murhan suunnittelija. Hän kieltäytyi täysin vastoin odotuksia auttamasta Nixonia tuhrimasta Valkoisen talon roolia murrossa ja sinetöi siten osaltaan Nixonin kohtalon. Oliko Angleton valmis uhraamaan presidentin peitelläkseen oman sekaantumisensa "koko siihen Sikojenlahden tapaukseen"?
Mafia
Mafialla ja sen kuubalaisilla liittolaisilla on todistettu olleen tiiviit yhteydet CIA:han. Sen vuoksi niillä arvellaankin olleen osansa John F. Kennedyn murhatapauksessa. Ei liene sattumaa, että Watergateen murtautuneiden joukossa oli neljä Castron vastaista Kuubasta pois muuttanutta. Jos oli olemassa vaara, että Watergate-skandaali paljastaisi korkeassa asemassa olevien mafiosojen roolin Kennedyn murhaan, heillä oli taatusti suuri halu kaataa kaikki syy Nixonin harteille.