Pääepäillyt
Yhdysvaltain puolustusvoimat
Puolustusvoimilla on saattanut olla meneillään harjoitus, jossa ammuttiin muun muassa raketteja, W-105-nimisellä alueella Long Islandin kaakkoisrannikolla. Se on yksi laivaston kriittisistä vyöhykkeistä ja sijaitsee 50 kilometrin päässä paikasta, jossa TWA:n lento 800 mystisesti räjähti. Se että ensimmäinen tiedotus onnettomuudesta tuli Pentagonista, saattaa olla suuri virhe, mikä sinällään on hyvin epäilyttävää varsinkin, koska tuo lyhyt lehdistötiedote vaiennettiin nopeasti. Ilmatila lento 800:n ympärillä vilisi sotilaskoneita tuona kohtalokkaana iltana, mikä viittaa myös siihen, että puolustusvoimilla on voinut olla jotain tekemistä tragedian kanssa.
Linda Kabot otti kuvan, joka julkaistiin Paris Match -lehdessä. Siinä näkyy selvästi, että ilmassa on raketti samanaikaisesti, jonka kun lento 800 räjähti. Kuvassa näkyy sylinterinmuotoinen esine, kuvan toisessa päässä näkyy erittäin kirkas liekki. Viranomaiset jättivät päin kuvan huomioimatta, koska Kabot oli seisonut selkä räjähdykseen Amerikan ottaessaan. Tämä pistää miettimään, kuinka monta rakettia FBI välitti ilmatilassa yleensä lentelee. Mielenkiintoista on, miten vähän tällaisista silminnäkijätodisteista tutkimuksen aikana.
Terroristit
Melko yleisesti uskotaan, että terroristit ampuivat raketin veneestä. Näin ei varmasti ollut, mutta kaiken takana on saattanut olla terroristisalaliitto. Koska al-Qaidan tapaiset ryhmät ovat myöhemmin käyttäneet ilmatorjuntaohjuksia, useiden salaliittoteoreetikkojen mielestä on todennäköistä, että terroristit olivat sekaantuneet lento 800:n tragediaan.