Valkoinen terrori johti pian sisällissotaan
Kun taistelut lopulta päättyivät, Kreikan yhteiskunnan toivottiin vihdoin vakautuvan. Rauha jäi kuitenkin lyhytaikaiseksi, ja pian Kreikan kommunistit huomasivat elävänsä keskellä painajaista.
Várkizan sopimus päätti virallisesti joulukuun tapahtumat alkuvuodesta 1945, ja sen piti taata Kreikan demokraattinen jälleenrakentaminen. 33 päivää kestäneet veriset levottomuudet olivat kuitenkin jättäneet syviä haavoja sodan runtelemaan kansaan, eikä sopimuksesta pidetty kiinni.
Sopimuksen pykälistä huolimatta Kreikan hallitus ei armahtanut poliittisia vankeja eikä järjestänyt demokraattisia vaaleja. Maassa levisi niin kutsuttu valkoinen terrori, kun kommunisteja ja muita vasemmistolaisia alettiin pidättää, pahoinpidellä ja murhata.
Militanttiin Organisation X:ään liittyi valtavasti uusia jäseniä, ja sen jäsenmäärä oli vuonna 1946 noin 200 000.
Kreikkalaisten keskuudessa alettiin vähitellen ajatella, että yhteistyö saksalaisten kanssa sodan aikana oli merkki ”kansallisesta ajattelusta” ja että vastarintaliikkeen jäsenet – ja heidän perheenjäsenensä – olivat rosvoja ja terroristeja. Vainoista vastasi pitkälti Organisation X, mutta hallitus ei tehnyt mitään pysäyttääkseen niitä.
Yksi vainojen brutaaleimpia muotoja oli järjestelmä, jossa sai palkkioksi käteistä rahaa, jos toi santarmeille tappamansa ELASIN jäsenen irti leikatun pään. Maailmalle levinneet kuvat miehistä kuljettamassa irti leikattuja päitä herättivät suurta pahennusta.
Marraskuussa 1945 Kreikan vankiloissa oli 18 000 ihmistä osallisuudesta vastarintaliikkeeseen. Monet lähetettiin kidutettavaksi keskitysleireille Kreikan saarille. Lisäksi jopa noin 80 000 ihmisestä oli annettu pidätysmääräys.
Vuonna 1946 tilanne kärjistyi niin, että Kreikassa puhkesi kolme vuotta kestänyt sisällissota. Se vaati 50 000 ihmisen hengen ja ajoi lukemattomia ihmisiä kodeistaan.
Kommunisteille annettiin ensimmäistä kertaa virallisesti tunnustusta heidän panoksestaan toisen maailmansodan aikana vasta 1980-luvulla, kun pääministerinä oli Andreas Papandreou, Georgios Papandreoun poika.