Il s’avère délicat de définir les sous-espèces de markhors, espèce peu étudiée. D’autant plus que les régions qui l’abritent sont difficiles d’accès, tant à cause du relief que des guerres. Aussi, selon les auteurs la taxonomie évolue.
1 - Markhor de Sulaiman Capra falconeri jerdoni. Pakistan, monts Sulaiman. 4 - Markhor du Kashmir ou Cachemire Capra falconeri cashmiriensis. Afghanistan, Pakistan, région de Chitral. L’une des deux principales populations de markhors. La sous-espèce est parfois considérée comme appartenant à celle du Pir Panchal (ci-dessous).
5 - Markhor du Pir Panchal ou Pir Panjal Inde, à l’ouest de la vallée du Kashmir. Seuls markhors indiens.
2 - Markhor de Chiltan ou Chialtan Capra falconeri chialtanensis. Pakistan, région de Guetta, monts Chiltan et monts Toba Kakar. Cette sous-espèce est considérée par certains auteurs comme une chèvre aegagre et non un markhor. D’autres estiment qu’il s’agit d’une espèce intermédiaire voire hybride entre ces deux animaux proches.
3 - Markhor de Kabul ou Kaboul Capra falconeri megaceros. Pakistan, monts Safed, Afghanistan, monts Spin. Pour certains auteurs, markhors de Kabul, du Kashmir, d’Astor et du Pir Panchal (ci-dessous) ne forment qu’une sous-espèce.
6 - Markhor d’Astor Capra falconeri falconeri. Pakistan. L’autre principale population de markhors.
7 - Markhor de Bokhara ou Boukhara Capra falconeri heptneri. Afghanistan, Turkménistan, Ouzbékistan, Tadjikistan.