Covid-19 : le mystère des origines
De 2012 à 2019, la genèse de la pandémie reste une énigme. Mais, petit à petit, certains pièces du puzzle s’assemblent. Récit.
De 2012 à 2019, la genèse de la pandémie reste une énigme. Mais, petit à petit, certains pièces du puzzle s’assemblent. Récit.
En cette fin du mois de décembre 2019, la vie suit son cours sur le marché de gros Huanan de la ville de Wuhan, en Chine. Dans ce vaste labyrinthe – plus de 650 étals, principalement de fruits de mer, et 1 200 travailleurs – , sous les néons poussiéreux, on compte ce matin-là une dizaine de vendeurs d’animaux sauvages vivants. Dans les allées étroites, ces derniers s’empressent et disposent leur précieuse marchandise : écureuils, renards, ratons laveurs, sangliers, salamandres géantes... Aux premières lueurs du jour, les badauds commencent à affluer dans la galerie. Certains sont venus s’abriter du froid, d’autres sont là pour acheter de quoi manger. A ce moment-là, personne ne sait ce qui est en train de se jouer dans la mégalopole chinoise peuplée de 11 millions d’habitants et située à 1 000 kilomètres de Pékin. En coulisses, les cartes ont pourtant déjà été distribuées depuis de nombreuses semaines. Dans la capitale du Hubei, de plus en plus de personnes sont hospitalisées pour des cas de pneumonies virales d’origine inconnue. On découvrira plus tard qu’il s’agit d’une nouvelle épidémie de coronavirus affilié au Sras, le syndrome respiratoire aigu sévère apparu en Chine en 2002. Le 31 décembre, le monde apprend l’existence de celui qui ne se nomme pas encore Covid-19. La suite, nous la connaissons. Le mystère réside dans les mois précédents : quels événements ont conduit à l’apparition du Sars-CoV-2 ? D’où sort ce virus qui a fait à ce jour plus de 3,6 millions de morts (6 millions, selon l’OMS) et mis la planète à genoux ?
« Nous savons deux choses : que la nature regorge de coronavirus cousins du Sars-CoV-2 infectant les chauves-souris, mais loin de Wuhan ; et que l’épicentre de l’épidémie est précisément à Wuhan. Maintenant, il faut comprendre les
chaînes de transmission », résume Etienne Decroly, directeur de recherche au CNRS (université d’Aix-Marseille). Dès le mois de janvier 2020, un scénario se dégage : une chauve-souris a infecté un pangolin qui passait par là, s’ensuit une recombinaison de deux virus, puis une épidémie qui déborde du fait d’un marché très fréquenté où humains et animaux se côtoient. Voilà la première scène du film catastrophe « Covid-19 ». Du moins le croyait-on. Car la fable, venue de Chine, s’est très vite imposée, au point d’être relayée par la prestigieuse revue Nature. Le coupable est donc le pangolin, un petit mammifère de 1,5 mètre pour une trentaine de kilos. Accusé, levez-vous ! Un an et demi après, ils sont encore nombreux à croire l’enquête bouclée. Sauf que, depuis, ce drôle de petit animal à écailles a été innocenté. Si l’on a retrouvé des traces du virus chez certains spécimens en Chine, tout indique aujourd’hui qu’ils ont été contaminés par l’homme, et non l’inverse.
La théorie de la zoonose a également bénéficié de l’influence de la revue médicale The Lancet. Pour Peter Daszak, président de l’ONG EcoHealth Alliance, qui dirige la commission vouée au Covid-19 de la publication scientifique, il ne saurait en être autrement. Cet « expert militant », par ailleurs membre de l’équipe de l’OMS chargée d’enquêter sur l’origine du virus, est pourtant sujet à caution. D’une part, son organisation mène des études destinées à éviter les pandémies générées par des interactions avec le monde animal. D’autre part, il travaille depuis des années avec l’Institut de virologie de Wuhan (WIV), laboratoire de haute sécurité (P4) dont il a contribué à financer les recherches. Autant de raisons qui pourraient le conduire à privilégier la thèse de la zoonose au détriment de toute autre hypothèse. La situation irrite de nombreux scientifiques, qui l’accusent même de conflit d’intérêts.
Contacté, Peter Daszak n’a pas souhaité nous répondre.
Un an et demi après le début de la pandémie, l’hypothèse de la zoonose apparaît de plus en plus fragile. L’animal intermédiaire tant recherché court toujours. Sur plus de 80 000 échantillons collectés sur différents spécimens par les enquêteurs de l’OMS dans la province du Hubei, aucun ne s’est révélé positif au Sars-CoV. Une absence « paradoxale » qui « conduit à repenser la question des origines du Covid-19 », selon Etienne Decroly. Lors de l’épidémie de Sars-CoV-1, en 2002, l’hôte intermédiaire – la civette palmiste – avait été identifié en quelques mois à peine. Pour celle de Mers-CoV, des traces du virus ont été détectées sur le dromadaire, dès le printemps 2013, alors que le premier cas humain ne datait que de l’automne précédent.
Tout indique que les pangolins ont été contaminés par l’homme, et non l’inverse
A mesure que l’hypothèse de la zoonose s’éloigne, une autre théorie aux accents complotistes prend de l’ampleur : celle de l’accident de laboratoire. La présence à Wuhan du WIV, cet établissement spécialisé dans les virus les plus dangereux, pose question. Le lieu est un bunker de plus de 3 000 mètres carrés répartis sur quatre niveaux et posé sur une dalle antisismique. Fruit d’une collaboration franco-chinoise, le fameux laboratoire P4 a été mis en exploitation en janvier 2018, lors de la première visite d’Etat d’Emmanuel Macron en Chine. Mais, à peine quelques mois plus tard, des membres de l’ambassade américaine à Pékin alertent sur l’insuffisance des mesures de sécurité.
Défendre cette thèse a longtemps été impossible dans les revues scientifiques, obligeant les chercheurs à sortir des circuits conventionnels pour diffuser leurs découvertes sur d’autres canaux, dont Twitter. Dès le 27 octobre 2020, le virologue français Etienne Decroly jette un pavé dans la mare. Dans une interview parue dans le journal du CNRS, il est l’un des premiers à appeler ouvertement à ne négliger aucune hypothèse. Y compris celle d’une fuite de laboratoire. C’est Donald Trump qui, le premier, a agité ce scénario dès mars 2020. A l’époque, le président américain parle volontiers de « virus chinois » et d’un « lab leak » (une fuite de laboratoire), mais sans apporter la moindre preuve. Conséquence : cette thèse, perçue comme une théorie du complot antichinoise, est rapidement battue en brèche et apparaît peu crédible. Il faut dire que l’administration américaine avance à reculons pour explorer cette piste, de peur que le financement massif par les Etats-Unis des recherches du WIV sur différents virus ne soit rendu public. Un an plus tard, la donne a changé. A tel point que le nouveau locataire de la Maison-Blanche, Joe Biden, a appelé mercredi 26 mai les
services de renseignement américains à « redoubler d’efforts » pour expliquer l’origine du Covid-19, leur laissant quatrevingt-dix jours pour présenter leurs conclusions.
Pour mener l’enquête, un retour en arrière s’impose. Il nous conduit dans la province du Yunnan, à environ 1 500 kilomètres au sud-est de Wuhan. Le 25 avril 2012, un homme de 42 ans est admis à l’hôpital de Kunming. Depuis deux semaines, il est sujet à une toux persistante, souffre de forte fièvre et, surtout, d’une détresse respiratoire. Les jours suivants, cinq autres personnes sont hospitalisées pour les mêmes symptômes. Toutes présentent une pneumonie sévère, et leurs scanners thoraciques montrent une atteinte bilatérale des poumons, avec des opacités « en verre dépoli », aujourd’hui reconnues comme relativement caractéristiques du Covid-19. Et trois d’entre elles partagent des signes de thrombose, une obstruction des vaisseaux assez typique des complications liées au Sars-CoV-2. Les six hommes ont en commun d’avoir travaillé dans une mine désaffectée à Tongguan, dans le canton de Mojiang, peuplée de rhinolophes, ou « chauves-souris fer à cheval ». Ils avaient pour tâche d’extraire le guano des mammifères volants sur le sol des galeries durant deux semaines. Trois d’entre eux meurent à l’hôpital.
Cette histoire des « mineurs » de Mojiang, oubliée depuis longtemps, est déterrée par un internaute au printemps 2020. Sur Twitter, un compte anonyme relaie un mémoire de master, mis en ligne sur la plateforme officielle chinoise de publication des travaux universitaires, qui détaille la maladie des ouvriers, lesquels présentaient des anticorps neutralisants contre les coronavirus de type Sars. La Chine, elle, soutient mordicus qu’il s’agit d’une infection fongique (due à un champignon). Quel lien pourrait-il y avoir entre cette maladie de 2012 et le Covid-19 ? Comme dans un polar, les scientifiques traquent la moindre piste. Et les indices ne manquent pas.
Le 3 février 2020, une autre publication a déjà mis en ébullition le monde de la recherche. Parue dans la revue Nature, elle est signée par les scientifiques de l’Institut de virologie de Wuhan et présente la séquence complète d’un virus qu’ils baptisent RaTG13. Il s’agit, en réalité, du virus génétiquement le plus proche du SarsCoV-2, identique à 96,2 % au virus responsable du Covid-19. « Il faut rester prudent : 4 % de différences sur un génome de 30 000 nucléotides, c’est beaucoup. Cela représente 1 200 mutations, et des années d’évolution », relativise Etienne Decroly. Seule certitude sur la provenance du SarsCoV-2 : il a été détecté dans le Yunnan, sur une chauve-souris fer à cheval. S’il ne s’agit pas de son progéniteur, cela indique néanmoins qu’il dérive bien d’un coronavirus de rhinolophe, étayant l’hypothèse de l’origine zoonotique de la pandémie.
Quelques semaines après cette publication, une microbiologiste italienne révèle sur un forum de virologie qu’un petit morceau du génome du RaTG13, le virus connu le plus proche du Sars-CoV-2, avait déjà été mentionné par les chercheurs du WIV en 2016 dans la revue Virologica Sinica. Ce jumeau ne s’appelait alors pas RaTG13, mais Ra4991. En juillet 2020, soit huit mois après le début officiel de l’épidémie, la virologue Shi Zhengli, patronne du WIV, reconnaît dans un entretien à la revue Science qu’il s’agit du même virus, simplement rebaptisé en 2020. Et elle met fin au suspense concernant sa provenance : il a bien été prélevé sur une chauve-souris fer à cheval dans la mine désaffectée de Mojiang. « Cela pourrait expliquer l’émergence d’un coronavirus de rhinolophe à Wuhan, une mégalopole développée qui n’abrite pas de colonies de ces mammifères », affirme l’écologue Jean-François Julien, spécialiste des chauves-souris au Muséum d’histoire naturelle de Paris. Une question demeure néanmoins : pourquoi avoir attendu février 2020 pour publier la séquence d’un génome que l’Institut de virologie de Wuhan connaissait depuis quatre ans ? « Entre 2012 et 2015, des prélèvements ont été réalisés une ou deux fois par an dans
cette mine. Qu’est-ce qui a été récolté exactement ? Et que s’est-il passé après ? Nul ne le sait. Mais il est certain que quatre laboratoires travaillaient sur ces virus à Wuhan », souffle Etienne Decroly.
Seule certitude : le RaTG13 fait partie des neuf betacoronavirus (de la famille de celui à l’origine du Covid-19) collectés dans la grotte du Yunnan. Autrement dit, huit autres coronavirus non publiés de type Sars sont présents au WIV. Et ce n’est pas tout. Le 15 mai 2021, trois travaux universitaires menés ces dernières années par le laboratoire
« Manipuler de tels virus est très dangereux. Des accidents de ce genre sont déjà arrivés »
P4 de Wuhan montrent qu’au moins un autre coronavirus y est conservé. Au point de se demander si un accident impliquant un de ces coronavirus n’aurait pas pu se produire. Le virologue Hervé Fleury, chercheur au CNRS et professeur émérite à l’université de Bordeaux, est de cet avis. « On ne peut pas fermer cette hypothèse, et certains éléments sont troublants », indique-t-il. Il faut bien comprendre que le Sars-CoV-2 est un virus fascinant. Il se distingue des autres coronavirus par une caractéristique : sa protéine Spike (ou spicule), parfaitement adaptée pour pénétrer les cellules humaines. Comme un cambrioleur qui disposerait d’une clef pour entrer dans les maisons.
La majorité des chercheurs expliquent cet élément par un effet de l’évolution, car des virus (hors de la famille des types Sars) possèdent ce genre de passe-partout. Mais d’autres, minoritaires, mettent en avant des expériences dites de « gain de fonction » qui consistent à forcer l’évolution d’un virus en répétant des infections sur des animaux ou des cultures cellulaires. Et voilà qu’une nouvelle étude dévoilée le mois dernier présente plus en détail les expériences de ce type ainsi que celles consistant à réaliser des modèles chimériques (mélange de deux virus différents), menées au sein du WIV. Or certaines de ces manipulations n’ont pas été présentées dans leur intégralité quand elles ont fait l’objet de publication scientifique. « C’est très dangereux de manipuler de tels virus, et des accidents de ce genre sont déjà arrivés », rappelle Hervé Fleury.
Dans les années qui ont suivi l’épidémie de Sars-CoV de 2003, le virus est sorti au moins à quatre reprises de différents laboratoires où il était étudié en Chine. La grippe A(H1N1) de 1977 avait aussi été provoquée par une erreur de manipulation d’un virus qui aurait circulé dans les années 1950 et aurait été conservé dans un congélateur. En l’absence de preuves, la prudence reste toutefois de mise. Jean-François Julien pense que ces expériences ne signifient pas nécessairement que le virus a été manipulé. « Le fait que des thèses contiennent des informations non publiées n’a rien d’inhabituel, cela arrive même tout le temps », assure-t-il. Pour autant, il ne conteste plus qu’un tel accident puisse avoir eu lieu.
Ces dernières semaines, l’enquête s’est poursuivie. La piste d’une fuite de laboratoire a été relancée après la publication dans la presse américaine d’informations avançant que trois chercheurs du WIV avaient été hospitalisés en novembre 2019, présentant des symptômes compatibles avec le Covid-19, mais aussi avec ceux d’une « infection saisonnière ». Soit un mois avant les premiers cas officiellement recensés par Pékin. Ces derniers s’étaient rendus auparavant dans une grotte abritant des chauves-souris dans la province du Yunnan. Celle-là même où six mineurs avaient contracté une étrange pneumonie en 2012 ? Rien ne l’exclut. A la MaisonBlanche, l’immunologue Anthony Fauci est même allé jusqu’à affirmer qu’il est « parfaitement concevable que l’origine du Covid-19 se soit trouvée dans cette grotte, et qu’il ait commencé à se propager de façon naturelle ou soit passé par le laboratoire. » Si la Chine récuse vertement ces informations, elles pourraient « changer la donne », selon Jean-François Julien. « Shi Zhengli a toujours juré qu’aucun chercheur du WIV n’avait été malade. Cela prouverait qu’elle a menti sur ce sujet. Mais pourquoi ? », s’interroge-t-il.
Zoonose ou accident de laboratoire ? Les experts restent prudents. « On ne dispose pas de données factuelles suffisantes pour confirmer l’une ou l’autre de ces théories, explique Etienne Decroly. On construit des thèses sur des sables mouvants. » Certes, la piste qui mène au complexe P4 de Wuhan séduit de plus en plus, notamment aux Etats-Unis. « Mais la transmission animale est le schéma classique des dernières épidémies, tempère Jean-François Julien. On peut imaginer que le virus ait pu circuler à bas bruit dans une zone isolée avant de déborder dans la mégalopole de Wuhan. »
Dix-huit mois après le début de la pandémie, aucune hypothèse n’est parfaite. Malgré les révélations qui se succèdent, la genèse du Covid-19 reste une énigme. Pour combien de temps encore ?
Il a ensuite suffi, en avril 2020, que Trump affirme – sans preuve et de façon confuse – que le virus s’était échappé d’un laboratoire chinois pour que plus personne n’y croit. A l’époque, le président parle de « virus chinois » et multiplie les attaques contre Pékin. Dans la foulée, toutes sortes de théories complotistes fleurissent, accusant la Chine d’avoir fabriqué une arme biologique pour affaiblir l’Amérique. Selon les démocrates, Trump manipule les faits pour détourner l’attention de sa gestion catastrophique de la pandémie.
La démarche de son successeur – plus respecté – représente une menace sérieuse pour l’empire du Milieu, qui veut à tout prix éviter de porter la responsabilité d’une pandémie qui a fait plus de 3,7 millions de morts et dévasté l’économie mondiale. « L’apparition de l’épidémie à Wuhan constitue depuis le début une catastrophe potentielle pour la réputation du Parti communiste chinois, souligne David Bandurski, codirecteur du China Media Project. Mais sa direction a cherché à en tordre le récit, afin de détourner la colère nationale et les soupçons internationaux non seulement de la périlleuse question des origines, mais aussi d’une possible inaction à un moment où le monde aurait pu éviter ce fléau. »
Dans la bataille acharnée à laquelle se livrent les Etats-Unis et la Chine pour la domination mondiale, une fuite de laboratoire donnerait un avantage considérable aux premiers en matière d’influence. L’image du régime communiste, déjà écornée en Occident, en serait profondément ternie. « Le scénario d’un accident indiquerait, au minimum, qu’il y a eu négligence, explique Mareike Ohlberg, chercheuse au German Marshal Fund of the United States. Cela transformerait un désastre naturel en une catastrophe liée à une erreur humaine, et créerait beaucoup de rancoeur contre Pékin. »
Si l’enquête conclut que cette théorie est la plus probable, les relations sino-américaines, déjà très tendues, « se dégraderont davantage, surtout si l’idée s’impose que Pékin a délibérément cherché à cacher la fuite », estime Hugo Brennan, de la société d’analyse de risques Verisk Maplecroft, cité par Bloomberg. Une telle conclusion contredirait la propagande officielle chinoise, qui affirme que le pays a réussi à vaincre un virus d’origine inconnue grâce à la supériorité de son système politique sur les démocraties occidentales, et dresse le portrait d’une puissance responsable ayant généreusement fourni des vaccins aux pays en développement. Pékin risquerait de riposter agressivement à une remise en cause de ce discours. Surtout au moment où le président Xi Jinping demande aux cadres du régime d’accentuer leurs efforts pour que « l’histoire chinoise soit mieux racontée », afin de doter le pays d’une image « crédible, aimable et respectable ».
Aux Etats-Unis, les républicains, qui rêvent de pouvoir blâmer la Chine de l’incurie de son administration, ont relancé la charge. « Le moment est venu pour l’Amérique et le monde d’exiger du Parti communiste chinois des réparations et des comptes », a tonné, le 5 juin, Donald Trump, qui demande à Pékin de régler une facture « d’au moins 10 000 milliards de dollars » au reste du monde. Pour brouiller les pistes, les autorités chinoises vont sans doute continuer à propager des « théories alternatives » (le virus a pénétré en Chine par des produits surgelés ; il aurait pu être introduit par l’armée américaine…) afin de créer « un faisceau de doutes sur l’origine de l’épidémie », précise la chercheuse Mareike Ohlberg. Au mépris de la vérité.
W« L’épidémie est une catastrophe potentielle pour le Parti communiste chinois »