Der Hauptbeschuldigte lieferte zwei Versionen
Version 1 Der Hauptbeschuldigte Stephan E. (46) wurde durch DNA-Spuren am Körper des Opfers ermittelt. Anfangs räumte er die Tat ein.
Version 2 Später widerrief E. sein Geständnis und beschuldigte den mitangeklagten Markus H. (44), Lübcke im Handgemenge erschossen zu haben. Die Bundesanwaltschaft blieb in ihrer Anklage bei der ersten Version.