Επιδείνωση των σχέσεων βασιλιά - πρωθυπουργού
Ο Παπανδρέου βρέθηκε προ εκπλήξεως όταν, με την ανοχή Γαρουφαλιά, επιχειρήθηκε από ανακτορικούς κύκλους η μετονομασία του στρατού από Ελληνικό σε Βασιλικό.
Στις εκλογές της 3ης Νοεμβρίου 1963 η Ε.Κ. κέρδισε, μάλλον απροσδόκητα, τη σχετική πλειοψηφία. Καθώς ο Γ. Παπανδρέου ανέλαβε την εντολή σχηματισμού κυβέρνησης φρόντισε να έρθει σε συμφωνία με τον βασιλιά Παύλο, που εξασφάλιζε τον έλεγχο των Ανακτόρων επί του Στρατού. Υπουργός Εθνικής Αμυνας παρέμεινε ο υπηρεσιακός Παπανικολόπουλος, ενώ οι μεταβολές στην ανώτατη ηγεσία ήταν ελάχιστες. Η συγκεκριμένη εξέλιξη τουλάχιστον καθησύχασε τους στρατηγούς, οι οποίοι δέχονταν ήδη πιέσεις από δυναμικά μεσαία στελέχη (τους μετέπειτα δικτάτορες του 1967) για εκτροπή ώστε να μην δοθεί η εξουσία στο «φιλοκομμουνιστικό» Κέντρο.
Η σαρωτική νίκη που επέτυχε η Ενωση Κέντρου στις εκλογές του 1964 της έδινε την ευκαιρία να επιφέρει μεγάλες αλλαγές στο στράτευμα. Διέθετε ευρεία κοινοβουλευτική πλειοψηφία, ευνοϊκό θεσμικό πλαίσιο και ένα μελετημένο πρόγραμμα συντεταγμένο από απόστρατους αξιωματικούς που στόχευε στην καλύτερη οργάνωση του στρατού και τη μείωση των αμυντικών δαπανών. Υπουργός Εθνικής Αμυνας τοποθετήθηκε ο Π. Γαρουφαλιάς, που διατηρούσε άψο- γες σχέσεις τόσο με τον Παπανδρέου, όσο και με το Παλάτι. Υφυπουργός ανέλαβε ένας πολιτικός της νεότερης γενιάς, ο Μ. Παπακωνσταντίνου, στον οποίο ο πρωθυπουργός ανέθεσε να προωθήσει, με προσεκτικά βήματα, την αποκομματικοποίηση του στρατεύματος.
Η πρώτη δοκιμασία για τη νέα κυβέρνηση ήταν οι μεταβολές που επέφερε στη στρατιωτική ηγεσία τον Απρίλιο του 1964. Οχι μόνον η επιλογή του αντιστρατήγου Γεννηματά για την αρχηγία του ΓΕΣ, αλλά και οι υπόλοιπες προαγωγές (όπως αυτή του μοιραίου Α/ΓΕΣ της 21ης Απριλίου, Γρηγορίου Σπαντιδάκη) και αποστρατείες διακρίνονται από υπο- χωρητική διάθεση του πρωθυπουργού έναντι του νέου βασιλιά Κωνσταντίνου. Ειδικά η περίπτωση του Γεννηματά προξένησε αντιδράσεις μερίδας του συμπολιτευόμενου Τύπου, μιας και ο νέος Α/ΓΕΣ είχε κατηγορηθεί για τη δράση του στις εκλογές του 1961 όταν ήταν διοικητής μεραρχίας. Πάντως, ακόμα και η μικρότερη αλλαγή στο στράτευμα δεν διέφευγε τη προσοχή των Ανακτόρων: όταν ο υφυπουργός Παπακωνσταντίνου προχώρησε σε μεταθέσεις αρκετών αξιωματικών (μεταξύ των οποίων αρκετοί πρωταίτιοι της 21ης Απριλίου 1967) εκλήθη να δώσει εξηγήσεις στον ανώτατο άρχοντα της χώρας.
Ασφαλώς, δεν μπορεί να υποστηρίξει κανείς ότι η κυβέρνηση απέκτησε πλήρη έλεγχο επί των Ενόπλων Δυνάμεων. Ο ίδιος ο πρωθυπουργός βρέθηκε προ εκπλήξεως, όταν με την ανοχή του Γαρουφαλιά επιχειρήθηκε από ανακτορικούς κύκλους η μετονομασία του στρατού από Ελληνικό σε Βασιλικό. Τα γεγονότα επιδεινώθηκαν από τις αρχές του 1965. Θρυαλλίδα των εξελίξεων στάθηκε η τυχαία ανακάλυψη των εγγράφων της «Ασκησης Περικλής». Η επιτροπή των αξιωματικών που συστάθηκε για να ερευνήσει την υπόθεση, έκρινε ότι τα έγγραφα αποδείκνυαν την ύπαρξη σχεδίου ανάμειξης του στρατού και των σωμάτων ασφαλείας σε εκλογές και ότι αυτό εφαρμόστηκε το 1961.Ο πρωθυπουργός, καθώς τα εσωτερικά προβλήματα της Ενώσεως Κέντρου ήταν πλέον εμφανή, επεχείρησε να αλλάξει την πολιτική θεματολογία φέρνοντας το ζήτημα στη Βουλή.
Ο βασιλιάς, ωστόσο, πίσω από την υπόθεση αυτή είδε την πρόθεση της κυβέρνησης να επιφέρει μεγάλες μεταβολές στα ανώτατα κλιμάκια του στρατεύματος. Ετσι, αντέδρασε έντονα ζητώντας αρχικά την αποστράτευση του επικεφαλής της επιτροπής, αντιστρατήγου Λουκάκη, και στη συνέχεια όλων των μελών της. Μια τέτοια κίνηση θα αποτελούσε εξευτελισμό για τον Γ. Παπανδρέου, που απέρριψε το βασιλικό αίτημα. Την ίδια ώρα, η ΕΡΕ θεωρούσε πως η κυβέρνηση ήταν υπερβολικά ήπια έναντι της Αριστεράς και αντιμετώπιζε ως εύλογο το βασιλικό ενδιαφέρον για τα στρατιωτικά ζητήματα. Γεγονός ήταν ότι οι σχέσεις βασιλιά -πρωθυπουργού είχαν πλέον ψυχρανθεί και η αμοιβαία καχυποψία εντεινόταν.