22 χρόνια ζωής
Το ΣΔΟΕ ιδρύθηκε το 1997 επί κυβέρνησης Κώστα Σημίτη και υπουργό Οικονομικών τον Αλέκο Παπαδόπουλο, ενώ ξεκίνησε να λειτουργεί συγκεκριμένα στις 10 Απριλίου 1997.
Τον Δεκέμβριο 2004 το ΣΔΟΕ μετονομάστηκε από την κυβέρνηση Καραμανλή σε Υπηρεσία Ειδικών Ελέγχων (ΥπΕΕ).
Τον Απρίλιο του 2010, επί κυβέρνησης Γιώργου Παπανδρέου, επανήλθε η ονομασία ΣΔΟΕ.
Τον Ιούλιο του 2019, μετά από 22 χρόνια, η υπηρεσία χάνει την αυτονομία της και εντάσσεται στη νεοσύστατη Γενική Γραμματεία Φορολογικής Πολιτικής και Δημόσιας Περιουσίας.