Estuvo preso en la cárcel de Tacumbú

En setiembre de 2015 universitarios de diferentes facultades empezaron a manifestarse bajo el lema de “UNA no te calles”. Las denuncias sobre hechos de corrupción iban tomando fuerza con manifestaciones y cierres de rutas, hasta la toma de la Universidad Nacional de Asunción que duró tres semanas. Los estudiantes exigían la renuncia de Froilán Peralta y los miembros del Consejo Directivo. Luego, la Fiscalía imputó a Peralta y ordenó su detención, a raíz de ello tuvo que renunciar al cargo y presentarse ante el Ministerio Público. En noviembre del 2015, la Cámara de Apelaciones de Central ordenó su libertad tras estar casi un mes en Tacumbú.