Desde sus días como jugador del football universitario en la Universidad de Florida, Hernández arrastraba problemas de conducta.
Su valor en el sorteo de novatos sufrió un golpe cuando el Boston Globe reportó que Hernández falló múltiples pruebas de drogas y que había admitido uso de marihuana en Florida. Comoquiera, los Patriots de Nueva Inglaterra lo escogieron en la cuarta ronda (turno 113) del sorteo.
En el 2010, irrumpió como novato en la NFL y rápido evidenció su talento al terminar la temporada con 45 recepciones, 563 yardas y seis touchdowns en 14 juegos disputados como tightend de los Patriots. Incluso, fue nombrado Novato de la Semana en la jornada 15.
En el 2011 jugó en su primer Super Bowl, e incluso anotó un touchdown, pero los Patriots perdieron contra los Giants por 21-17
Su última campaña fue en el 2012, y ese mismo año los Patriots lo habían firmado a una extensión de cinco años -hasta el 2018- valorada en $40 millones.