Groot debat: Gebruik BLUP net reg!
In die vorige uitgawe het die bekroonde teler mnr. Lionel de la Harpe ’n knuppel in die hoenderhoek gegooi met sy uitlating dat die wetenskap BLUP verbygesteek het, dit ’n uitgediende stelsel is en nie lei tot die teling van aangepaste diere nie.
BLUP KAN NIE SKULD KRY VIR GROOT SKAPE NIE
Die debat oor BLUP (beste liniêre onsydige beraming) wat die artikel “Het BLUP nog bestaansreg?” (LBW, 8 Februarie 2019) aangevuur het, is dalk nodig om nie net BLUP nie, maar ook die belangrikheid van seleksiedoelwitte onder telers te herbevestig.
Die artikel wat Lionel de la Harpe aanhaal in sy teenreaksie hiernaas, moet eerstens in konteks gesien word. Dit is ’n artikel wat handel oor die gebruik van BLUP in ekologie en evolusie, met ander woorde in populasies waar daar nie veronderstel is om seleksie of seleksievordering te wees nie.
Hy is ook heeltemal reg met sy gevolgtrekking dat onakkurate teelwaardes die gevolg kan wees van onvolledige of verkeerde modelle. Hierdie modelle moet egter wesenlik verkeerd wees voor daar groot veranderings in die rangorde van diere sal wees. Dit is tog die doel van BLUP, om beter diere van swakker diere te onderskei.
Dit is dan ook ’n belangrike taak van wetenskaplikes om te sorg dat die modelle wat in die genetiese ontledings gebruik word, volledig en akkuraat is.
Hierdie modelle word gereeld hersien om voorsiening te maak vir nuwe inligting wat beskikbaar raak. Dit is verder interessant dat selfs met ’n verandering in modelle die rangordes van diere min verander; die beste diere bly die beste.
Om te sê BLUP is uitgedien, is glad nie waar nie. In dieselfde artikel se samevatting erken die skrywers dat “BLUP is used extensively in the agricultural sciences to predict which individuals should produce
the best offspring. It was in this context that BLUP was developed, and for this purpose it performs well under a broad range of circumstances.”
In hierdie bevestiging haal hulle vir Mrode (1996) aan. Dit is wanneer BLUP vir die verkeerde doel en nie waarvoor dit ontwikkel is nie, aangewend word dat die akkuraatheid in twyfel getrek kan word.
Die artikel waarna hy verwys, moet dus in konteks gesien word.
Om BLUP die skuld te gee vir skape wat te groot word, is ook nie korrek nie.
Elke genootskap het breë seleksiedoelwitte wat as riglyn dien vir sy telers. Dit is egter die individuele teler se unieke doelwitte en hoe hy dit toepas, wat hom laat uitstaan bo sy medetelers.
Die omgekeerde is ook waar. As BLUP verkeerd gebruik word, met ander woorde as seleksiedoelwitte verkeerd geformuleer of enkeleienskapseleksie gedoen word sonder om die genetiese korrelasies in ag te neem wat tussen eienskappe bestaan, kan die gevolge nadelig wees. Daar is baie voorbeelde hiervan in die geskiedenis, sommige lank voor die BLUP-era.
Weer eens is dit belangrik dat seleksiedoelwitte en daarmee saam ekonomiese indekse, wat ’n weging is van ekonomiese waardes, teelwaardes en die genetiese verwantskap wat tussen eienskappe bestaan, gereeld hersien moet word.
Ongelukkig is groeitempo hoog met volwasse gewig gekorreleer en dit is dus baie moeilik om vir swaarder speengewigte te selekteer en terselfdertyd die volwasse gewigte kleiner te maak.
’n Seleksie-indeks is die beste manier om ’n balans tussen eienskappe te verkry. Vrugbaarheid (die belangrikste eienskap in enige seleksieprogram) is in baie van die ekonomiese indekse verwaarloos, deels as gevolg van ’n gebrek aan data. Moderne indekse is egter baie gebalanseerd en kan baie spesifiek geformuleer word.
Sommige modelle wat tans in genetiese ontledings gebruik word, is uiters kompleks en namate genomiese inligting beskikbaar word, gaan dit nog meer kompleks raak. Die resultaat is egter die akkuraatste genetiese ontledings of teelwaardes nóg.
Dit beteken egter dat rasse baie vinniger genetiese vordering gaan maak en dit is juis om dié rede dat genootskappe die leiding moet neem en die nuwe wetenskap aan boere moet verduidelik. Dit is wat die toonaangewende genootskappe wêreldwyd doen. Prof. Frikkie Neser is hoof van vee, wild en weidingkunde aan die fakulteit natuur- en landbouwetenskappe aan die Universiteit van die Vrystaat.
UITLATINGS NIE UIT LUG GEGRYP
Die reaksie op die artikel “Het BLUP nog bestaansreg?” (LBW, 8 Februarie 2019) is te verwagte. BLUP is ’n diep verskanste stelsel wat algemeen toegepas word deur telers, telersgenootskappe en ander instellings vir die seleksie en bemarking van diere.
Tot dusver vind ek dit uiters moeilik om my navorsing en ondervinding aan ’n breër gehoor bekend te stel. Ek is egter oortuig daarvan dat daar heelwat mense die wêreld oor is wat tog twyfel oor BLUP en die rigting waarheen bees- en skaaprasse ontwikkel.
Hopelik kan daar gesonde debat uitgelok word, wat kan lei tot verandering en vooruitgang in die manier waarop ons die seleksie en teel van diere benader en toepas.
Mnr. John Torr, vooraanstaande Dohne-Merinoboer van Ceres, het jare gelede al gesê telersgenootskappe moet waak daarteen om nie oormatig voor te skryf aan hul lede nie. Veeteelt kan tog net baat by verdere insig.
In my artikel in LBW is die standpunte oor genetika en epigenetika gegrond op artikels deur hoog aangeskrewe wetenskaplikes in wetenskaplike boeke en artikels. Dit is nie ’n lukrake mening wat uit die duim gesuig is nie. Wat verstommend is, is dat nuwe genetiese ontdekkings so vinnig plaasvind dat hedendaagse wetenskaplikes traag is om boeke daaroor te skryf, want die inligting kan reeds verouderd wees wanneer die boek verskyn.
Ekologie behels die verwantskap tussen organismes en hul omgewing, en dit word algemeen aanvaar dat genetiese oorerflikheid en die omgewing onlosmaaklik verweef is.
In die inleiding tot die artikel “The Misuse of BLUP in Ecology and Evolution” (The American Naturalist, 2010, vol. 175, Universiteit van Chicago) haal die skrywers – Jarrod D. Hadfield, Alastair J. Wilson, Dany Garant, Ben C. Sheldon en Loeske E.B. Kruuk van die universiteite van Edinburg, Sherbrooke (Kanada) en Oxford – die Argentynse dierkundige Agustin Blasco aan: “Om te sê dat BLUP onsydig of ‘onbevooroordeeld’ (unbiased )is deur die definisie van die woord vooroordeel te verander, lyk na ’n redelik onakkurate aanwending van die taal. Boonop is die woord ‘beste’ effe misleidend.”
BLUP is ’n metode waarvolgens ’n enkele waarde uit ’n ewekansige effek, in ’n model wat gemengde effekte verskaf, verkry word. Dit is wyd in ekologie en evolusionêre biologie gebruik om individuele teelwaardes en reaksienorme te bepaal. Die voorspellings is gebruik om afleidings te maak oor natuurlike seleksie, evolusionêre veranderinge, individuele reaksienorme en swakhede.
In die artikel is analities en met voorbeelde aangedui waarom BLUP dikwels bevooroordeelde beramings van evolusionêre en ekologiese parameters verskaf.
Hoewel sekere voorbehoude oor die BLUP-metodologie al voorheen geopper is, word die skaal en omvang van die probleme waarskynlik nie altyd ingesien nie. BLUP word dikwels gebruik om eienskappe te voorspel met ’n model wat nie uitdruklik gronde bied waarvolgens die voorspellings gemaak word nie. In sulke gevalle sal die beraamde teelwaardes dikwels meer sê oor die fenotipe as wat dit duidelikheid oor die geneties belangrike neigings verskaf.
Nog ’n probleem is dat BLUP-voorspellings enkelwaardes verskaf oor aspekte waaroor min sekerheid bestaan. As die onsekerhede nie in daaropvolgende toetse in berekening gebring word nie, kan dit lei tot vooroordeel.
Daar is drie hoofkenmerke van BLUP wat tot probleme met afleidings gelei het.
Die verlangde kenmerke van BLUP geld net sover dit die gemiddelde van ’n enkele teelwaarde betref. Die eienskappe kan nie na ander aspekte van ’n individuele dier se teelwaarde oorgedra word nie. Dit lei dus nie na hoërvlakstatistieke wat die verspreiding van teelwaardes in ’n groep aandui nie.
BLUP is slegs ’n onbevooroordeelde voorspeller wanneer die regte model gebruik word om die voorspelling te maak. In evolusionêre biologie en ekologie word dit egter dikwels gebruik om te toets vir teelwaardes wat as te ingewikkeld beskou word om vasgevang te word deur die model wat vir die voorspelling gebruik is. Toetse vir genetiese differensiasie waar verskille in die voorspelde teelwaarde gebruik word, is nie bevooroordeeld ten gunste van genetiese eenvormigheid nie, maar wel sover dit die vind van genetiese verskille betref, selfs al bestaan daar net omgewingsverskille.
Die groot hoeveelheid foutiewe voorspellings en ingewikkelde patrone van afhanklikheid in voorspelde teelwaardes word normaalweg nie in ag geneem wanneer onsekerheid gekwantifiseer word nie.
Die geldigheid van hierdie kritiek word nie wyd aanvaar nie, tog raai ons boere af om BLUP in die toekoms te gebruik as ’n instrument om afleidings te maak ten opsigte van ekologie en evolusionêre biologie.
Bykomstige probleme duik met die toets van aannames, omdat BLUP dikwels as onafhanklik beskou word.
Die gebruik van BLUP het tot verkeerdelik hoë vlakke van statistiese beduidendheid gelei. Dit is daarom gesien as biologies beduidend ten spyte van klein effekgroottes.
Die agt bladsy lange dokument waaruit aangehaal is, verwys na 50 wetenskaplike publikasies.