Tuvo también su etapa de entrenador en Castellón, Palencia y Granada
Tras su retirada en el año 1971, Paco Gento comenzó a entrenar al filial del club blanco. Allí estaría tres temporadas más, hasta 1974. La decisión de Bernabéu de elegir a Luis Molowny como relevo de Miguel Muñoz al frente del primer equipo hizo que el cántabro hiciese las maletas y se fuese a probar en otros equipos. El primero fue el Castellón, pero la experiencia en el conjunto blanquinegro fue mala. Apenas estuvo 11 encuentros con unos datos parejos: ganó cuatro partidos, perdió otros cuatro y saldaría en empate los tres encuentros restantes. Su segunda aventura en los banquillos duró dos campañas, desde 1977 a 1979, en las filas del Palencia, logrando el primer ascenso a Segunda A del club castellano-leonés. Allí tuvo a su hermano Julio como ayudante y disfrutó de la experiencia, pero la temporada siguiente acabó en descenso y provocó su salida. Su tercera etapa como técnico fue con el Granada, durante la temporada 1980-81 en la Segunda División. Tampoco terminó la campaña en el banquillo nazarí y dimitió meses antes de consumarse el descenso del equipo a Segunda B. Regresó al Madrid, donde trabajó con los juveniles e incluso dirigió a la selección cantabra. Pero ahí se acabó la etapa de Gento como entrenador.