El Príncipe de Viana falleció a los 40 años en el Palacio Real de Barcelona. Sus exequias tomaron la forma de un duelo nacional
como hijo heredero de los Estados de la corona aragonesa, tras lo que juró su cargo como Lugarteniente Perpetuo de Cataluña. Carlos de Évreux, Príncipe de Viana, que se había convertido en una suerte de héroe viviente, prácticamente santificado por el pueblo, fallecía a los 40 años, tres meses y 26 días de edad en el Palacio Real de la ciudad de Barcelona. Era el 23 de septiembre de 1461, día de Santa Tecla. Moría el príncipe y nacía el mito. Desde el mismo momento de su muerte circuló la sospecha de que podía haber sido envenenado, hipótesis que todavía planea en el aire en la actualidad.
Sus exequias tomaron la forma de un auténtico duelo nacional, digno del rey que nunca llegó a ser: unas quince mil personas desfilaron ante su majestuoso féretro y el funeral fue presidido por su hijo natural Fernando, fruto de sus relaciones con Brianda de Vega, quien le acompañaría hasta sus últimos días. De hecho, sus allegados instaron a Carlos a que se casara con ésta in articulo mortis, para así dejar a Felipe como heredero. Sin embargo, el Príncipe de Viana llegó a la conclusión de que tal herencia sería demasiado pesada y que sólo serviría para avivar las llamas de las luchas fratricidas que desgastaron el reino navarro, por lo que en su testamento decidió dejar a su hermana Blanca como legítima sucesora.
Se le amputó al cadáver el antebrazo derecho para conservarlo en un relicario de plata en el Monasterio de Valdoncellas, de donde desaparecería más tarde y al que se atribuyeron todo tipo de prodigios y sanaciones. Aunque se conservan algunos restos, la urna de Poblet que supuestamente contenía su cuerpo, no corresponde a un cadáver completo, puesto que tras la desamortización de Mendizábal turbas exaltadas de lugareños saquearon las tumbas y, durante la Segunda República, se intentaron recuperar los restos del que era un símbolo para Cataluña.
Aunque los análisis a su momia, entre otros los realizados por el citado profesor