La investigación oficial
sobre el suceso corrió por todo el mundo conocido. Hasta el propio rey Felipe IV quiso conocer semejante prodigio y pidió que el operado por el cielo le visitara en sus aposentos reales. El arzobispado abrió una investigación oficial con el objetivo de saber qué había pasado y qué había de real en todo aquello.Tras diez meses, el 27 de abril de 1641, el proceso dirigido por Pedro de Apaolaza llegó a su final. El informe tiene 144 páginas y expone los testimonios jurados de muchos de los que tenían algo que decir: los testigos del accidente, los médicos que le atendieron, los que le cortaron la pierna, los que se la enterraron, los que le brindaron su amistad cuando le faltaba la pierna, la familia, la madre que a la luz del candil fue testigo de la “resurrección”, los que le conocieron sin pierna y con pierna, los médicos que certificaron que la tenía pese a que ellos mismos se la habían cortado...
La conclusión que aparece en el escrito oficial, de más de 400 páginas, la elaboró Pedro de Apaolaza: “...Atendidas estas y otras muchas cosas, del consejo de los infrascriptos, así como en las Sagradas Escrituras y en la Jurisprudencia, muy ilustres doctores, decimos, pronunciamos y declaramos: que a Miguel Juan Pellicer, de quien se trata en el presente proceso, le ha sido restituida la pierna milagrosamente; y que se ha de juzgar y tener por milagro por concurrir todas las condiciones para la esencia del verdadero milagro de derecho deben concurrir, de la manera que los atribuimos en el presente milagro, y como milagro lo aprobamos, declaramos y así decimos”.