LOS ENTERRAMIENTOS en tiempos de Felipe II
Según recoge el padre Sigüenza, fue deseo de Felipe II y uno de los objetivos de la construcción del monasterio, además de la conmemoración de la victoria en la batalla de San Quintín, reunir a los miembros difuntos de la familia real, “en una iglesia vieja o de prestado, bajo el altar mayor". A la sazón, todavía no se había construido el panteón definitivo. El primer traslado tuvo lugar el 7 de junio de 1573 y correspondió a los cuerpos de la reina Isabel de Valois –tercera esposa del monarca– y del príncipe don Carlos –primogénito de Felipe II que murió en extrañas circunstancias, alimentando la “leyenda negra”, tras una vida de inestabilidad física y psicológica–. El rey notificó oficialmente la llegada el 6 de junio desde el Pardo a los monjes y los restos fueron acompañados por los obispos de Zamora y Sigüenza, los duques de Arcos y de Escalona y el limosnero mayor del rey. Fue el prior fray Hernando de Ciudad Real el que recibió los restos en el monasterio.
El segundo traslado se produjo en los primeros días de febrero de 1574 y correspondió a los cuerpos de Carlos V y su esposa Isabel de Portugal, la princesa doña María, reinas de Francia y Hungría, e infantes don Fernando y don Juan. También notificó Felipe II oficialmente la llegada de los restos, el 22 de enero de 1574, desde el Pardo. Las comitivas fúnebres, desde los diferentes lugares donde habían sido enterrados en su día los cadáveres regios, fueron presididas por los obispos de Jaén, Salamanca y Segorbe, el duque de Alcalá y el marqués de Aguilar. Y como testigo presencial, el padre Juan de San Jerónimo dio debida cuenta en sus crónicas de los elaborados ceremoniales que recogieron las pompas fúnebres tras el traslado al monasterio.