SU RELACIÓN CON LOS REYES CATÓLICOS
Uno de los episodios más destacados de sus primeros años en Roma fue su intervención en el conflicto que generó la boda de Isabel de Castilla y Fernando de Aragón. En 1469, los dos príncipes habían decidido casarse, lo que reforzaría su posición frente a la nobleza en sus respectivos reinos. El casamiento debía celebrarse con urgencia por la complicada situación, pero precisaban una dispensa eclesiástica (al ser primos segundos) que habría requerido un tiempo que no tenían. Así, resolvieron unirse en matrimonio en secreto utilizando una bula papal falsa. Cuando la noticia llegó a Roma, Pablo II excomulgó a ambos, lo que se tradujo en el inicio de una larga pugna con la Santa Sede. En 1472, siendo ya papa Sixto IV, el cardenal Rodrigo Borgia viajó a España como embajador de los Estados Pontificios y arregló el matrimonio entre Fernando e Isabel otorgándoles el perdón papal, a cambio de una mayor autoridad de la Santa Sede en Castilla y Aragón. Rodrigo sería, además, padrino del primer hijo de la pareja.
Más adelante, siendo pontífice Inocencio VIII, Rodrigo se vio beneficiado por otra disputa entre el papado y Fernando, cuando este era ya rey de Aragón. El monarca se había arrogado la potestad de nombrar ministros eclesiásticos en sus territorios, lo que provocó una vez más la puesta en marcha de otro proceso de excomunión. Rodrigo entabló conversaciones con Fernando que dieron como resultado la rectificación de este y la paralización del proceso de excomunión. A cambio, el rey le facilitó la obtención del ducado de Gandía, en 1483, para su hijo primogénito Pedro Luis de Borja.