高性能计算在中医药领域的应用探讨

CJLIS (Traditional Chinese Medicine) - - 第一页 - 基金项目:中国中医科学院科技创新团队项目(PY1306) 第一作者:刘红,副研究员,研究方向为中医药信息学。E-mail: lh@mail.cintcm.ac.cn * 通讯作者:崔蒙,研究员,研究方向为中医药信息学。E-mail: cm@mail.cintcm.ac.cn

刘红,杨策,邢雁辉,张竹绿,崔蒙

中国中医科学院中医药信息研究所,北京 100700

摘要:高性能计算作为崭新和重要的科研工具,目前已经在众多的领域得到了成功应用。在中医药领域的应用目前还处于探索阶段,未来有可能在中药植物药的基因组学、中药新药的虚拟药物筛选、中医药数据挖掘和大数据分析、模拟与仿真等领域开展具有创新性的高性能计算的应用研究。

关键词:高性能计算;应用;中医药

中图分类号: R-3 文献标识码: A 文章编号: 2095-5707(2016)06-0010-03

Discussion on the Application of High Performance Computing in TCM Field

LIU Hong, YANG Ce, XING Yan-hui, ZHANG Zhu-lv, CUI Meng*

(Institute of Information on Traditional Chinese Medicine, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100700, China)

Abstract: High performance computing (HPC), as a new and important research tool, has been applied in many fields successfully. Application of HPC in the TCM field is still in the exploratory stage. HPC in the future may be innovatively applied in the field of genomics Chinese herbal medicine, virtual medicine screening of new TCM, TCM data mining and big data analytics, modeling and simulation and so on.

Key words: high performance computing (HPC); application; TCM

高性能计算是计算机科学的一个分支,研究并行算法和开发相关软件,致力于开发高性能计算机。高性能计算是世界各国竞相发展的前沿技术,是体现一个国家综合实力和科技竞争力的重要指标。

科学计算作为科研方法变革的产物,已经发展成为与传统的理论、实验并驾齐驱的第三种科研方法,并且日益成为越来越重要的科研方法。科学计算方法的运用,是高性能计算应用的基础和前提条件,而使高性能计算真正发挥作用主要取决于高性

[ 1]能计算的应用研究水平 。本文对于促进高性能计算未来在中医药领域的应用、丰富中医药信息学的

研究内容及由此产生的中医药科研方法的创新具有推动作用。

1 高性能计算应用概况

1.1 我国在高性能计算应用领域仍处于落后水平

在高性能计算的研发和应用领域美国一直处于世界领先水平,日本和欧洲国家紧随其后长期位居世界先进行列。近年来,我国在高性能计算硬件的研发方面取得了突破性进展,通过自主创新逐步掌握了一批硬件研发的关键技术。中国国防科技大学研制的天河系列超级计算机连续多次在世界超级计算机排行榜中名列首位,标志着我国高性能计算的硬件研究水平目前已经接近国际先进水平。但在应用软件方面的发展严重滞后于硬件的发展水平,自主开发的高性能计算应用软件严重匮乏,需要大量购买和引进国外开发的应用软件,重要和关键部门

[2]

的应用受制于人 。应用软件是高性能计算应用的基础,由于应用软件研发水平的严重落后,目前我

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