Los contra
El costo, diseño y subsidio no se ajustan a la realidad presupuestaria nacional ni a la del transporte. El trazado actual no está cerca de las zonas de mayor movilización de gente en el GAM, por lo que no ayudaría a reducir el tiempo de traslado como se espera. El proyecto actual no contempla la sectorización de los buses, por lo que ambos sistemas de transporte no van a estar conectados.
En el estudio del tren tomaron en cuenta datos de accidentabilidad de Guatemala y Colombia, no de Costa Rica. La frecuencia en la que funcionarían los trenes, sumado a los cruces a nivel que habrá, aumentaría la posibilidad de accidentes con autos, buses, peatones y ciclistas.
Los recorridos cada 5 minutos de un lado y del otro provocarían que los trenes activen las agujas en los cruces muy seguido, lo que trabaría el tránsito vehicular y haría que se pierda el beneficio ecológico del proyecto.
Requiere la intervención de un ente especializado externo con experiencia en aspectos técnicos ferroviarios, que valide los estudios del proyecto.
En la hora valle, más de 50% de los equipos ferroviarios estarían guardados, lo que tiene un alto costo financiero. Abre la posibilidad a ampliar el ancho de la vía del tren para que sea estándar, como en el resto del mundo
(en Costa Rica es más pequeña), lo cual afectaría obras futuras hacia las costas. Se considera que hay deficiencias metodológicas e inconsistencias en la realización del análisis costo-beneficio de la obra.
El proyecto reportaría un beneficio neto de US$3.000 millones, pero el cálculo por ahorro de tiempo supone más del 77% del total de dichos beneficios.