Modlila se i za své věznitele
Schwarz však nacistické pronásledování nepřežil – v říjnu 1944 byl odeslán do vyhlazovacího tábora v Osvětimi, kde byl zavražděn v plynové komoře. Anna s matkou naproti tomu zůstaly v Terezíně a pokus o největší hromadnou vraždu v lidských dějinách přežily.
Útěk z terezínského ghetta
Anně Schwarzové se podařilo z terezínského ghetta, ve kterém byla kvůli tyfové epidemii vyhlášena karanténa, v závěru války uprchnout. Do Prahy se tak vrací v době, kdy zde ještě probíhají boje. Znovunabytí svobody a příjezd do rodného města ji naplňuje euforií, což ji nakonec málem stojí život – povstalci její pohledy na pražské střechy, doprovázené radostnými gesty, považují za signály pro německé odstřelovače a zadrží ji, vše se nakonec naštěstí vysvětlí. Při vzpomínkách na konec války však Anna Schwarzová neopomínala hovořit o tom, jak byla též svědkyní zbytečného násilí na německém civilním obyvatelstvu.
Zatímco některé vězně nacistických koncentračních táborů přivedly válečné zážitky (a také atmosféra v poválečné Evropě) do řad komunistického hnutí, Anna Schwarzová zůstala i nadále věrna křesťanské víře. První setkání s nadšenými budovateli „šťastných zítřků“zažila totiž již v roce 1938, a to ve skautském oddílu. „Přečetla jsem manifest (komunistické strany – pozn. autora) a byla jsem zděšena, že to celé je založeno na závisti, oni zneužívají závisti k tomu, aby propagovali svoje názory,“prohlásila v roce 2006 v rozhovoru pro společnost Post Bellum. Anna tehdy podruhé uvažovala o vstupu do kláštera, ale její duchovní rádce jí doporučil, aby pečovala o svoji nemocnou matku a začala studovat na filozofické fakultě jazyky. Anna tak zahajuje studia francouzštiny a angličtiny a zároveň se angažuje v katolických organizacích.
V hledáčku tajné policie
Po únoru 1948 je Anna Schwarzová v rámci „očisty akademického prostředí“z univerzity vyloučena a opět se pokouší vstoupit do kláštera. Je sice tentokrát do řádu bosých karmelitánek přijata, záhy však musí být z příkazu komunistických úřadů jako novicka propuštěna. V té době se seznamuje s lidmi z katolického společenství Rodina. Anna, přezdívaná přáteli Nina, tak přichází do kontaktu s teology Josefem Zvěřinou, Ottou Mádrem nebo pozdějším církevním historikem Václavem Vaškem. Poté, co je část Rodiny zatčena, navštěvuje Anna své přátele ve vězení a předává jim vzkazy, dopisy či liturgické předměty. Zajíždí také za internovanými řeholníky do venkovských oblastí a předává jim, někdy za poněkud dramatických okolností, balíčky a dopisy.
Tím se křesťanská aktivistka dostala do hledáčku komunistické tajné policie, která ji v únoru 1953 zatkla a posléze postavila před soud. Za údajné „rozvracení lidovědemokratického zřízení“si Anna Schwarzová vyslechla rozsudek 11 let vězení, na což v soudní síni zareagovala těmito slovy: „Nemyslete si, že k vám cítím zášť. Já se za vás i za své referenty v Ruzyni
V chartovním společenství
V té době se již často stýkala se signatáři Charty 77, jejíž podpis jí řádová nadřízená „důrazně nedoporučila“. Ačkoliv Anna Magdalena Schwarzová Chartu nepodepsala, stala se součástí tzv. chartovního společenství a aktivně se podílela na jejích aktivitách. Zúčastnila se tak kupříkladu pohřbu profesora Patočky, překládala texty a jako aktivistka Výboru na obranu nespravedlivě stíhaných též navštěvovala soudy s politickými odpůrci režimu. Na rozdíl od některých politických vězňů z padesátých let neměla problém s tím, že v Chartě působili lidé, kteří byli v době jejího věznění aktivními komunisty. Vzpomínala, že se ji někteří z nich, jako František Kriegel nebo Marie Švermová, se kterou se seznámila ve vězení, za své tehdejší jednání omluvili.
Anna Magdalena Schwarzová zároveň v osmdesátých letech jezdívala často do Polska, odkud přivážela náboženské materiály a pomáhala tak udržovat kontakty mezi polským a českým církevním prostředím. Státní bezpečnost ji při této činnosti sledovala a založila na ni svazek s krycím označením „Sára“, stejným jménem se musela Anna Schwarzová podepisovat z příkazu nacistů i za protektorátu. Když se šikana ze strany vládnoucího režimu, který se snažil své odpůrce přinutit k emigraci, vystupňovala, rozhodla se odejít do Polska natrvalo. Stalo se tak v lednu 1985 a úřady ji tehdy zbavily československého občanství. V přísné klauzuře kláštera bosých karmelitánek v Krakově Anna Magdalena Schwarzová strávila poslední tři desetiletí svého života. Druhého ledna 2017 se tak uzavřel bohatý životní příběh statečné ženy, který by fakticky mohl posloužit jako průvodce středoevropskými dějinami dvacátého století.