Velitel tvrze Hanička
se velitelem jedné z oblastí Obrany národa, tedy „podzemní armády“na Českomoravské vysočině. Na jaře 1940 se mu před hrozícím zatčením podařilo odejít za hranice. V polovině května přijel do jihofrancouzského Agde, kde se v té době formovala čs. zahranič- ní armáda. Bojů ve Francii v červnu 1940 se účastnil jako první pobočník velitele čs. divizní pěchoty generála Jaroslava Čiháka. Po evakuaci do Velké Británie prošel různými velitelskými funkcemi u čs. pozemních jednotek a v roce 1943 byl vyslán do Sovětského svazu.
Loď Duchess of York, na níž cestoval, však byla u afrických břehů potopena a po marném čekání na nové sovětské vstupní vízum byl na jaře 1944 přidělen k britským tankovým jednotkám na Středním východě. Koncem srpna 1944 se stal náčelníkem Čs. administrativního štábu v Jeruzalémě. Do vlasti se vrátil jako jeden z posledních zahraničních vojáků až v březnu 1946.
Za svoji činnost v obou válkách byl Jaroslav Mikuláš Novák vyznamenán vysokými čs. i spojeneckými řády a vyznamenáními. Byl například nositelem Řádu Sokola nebo důstojnického stupně Řádu britského impéria.
Již před únorem 1948 byl sledován Reicinovým Obranným zpravodajstvím. Krátce po komunistickém převratu byl postaven mimo službu a na konci roku 1948 propuštěn z armády. Roku 1950 mu byla odejmuta hodnost plukovníka. V roce 1953 jej ve vykonstruovaném procesu odsoudili na čtyři roky do vězení.
Jaroslav Mikuláš Novák zemřel v Litoměřicích.
7. května 1985