Sekvensering visar hur viruset sprids
Analys på nukleosnivå ger forskare en inblick i hur snabbt virusvarianter sprids i samhället
Den eskalerande smittspridningen har fått regeringen att utlysa undantagsförhållanden i Finland. Det är den brittiska virusvarianten som ligger bakom det förvärrade läget, och flera offentliga utrymmen stängs nu ner för att stävja virusets framfart.
Samtidigt arbetar laboratorier i landet med att sekvensera viruset. Genom att analysera positiva coronatest går det att få en helhetsbild över hur viruset, och virusvarianterna, sprider sig. Det här ger myndigheterna verktyg till att förstå epidemin.
– Det är sannolikt att en dominerande variant ersätts med en annan efter ett tag. Det är möjligt att vi har några olika varianter som sprids, men jag tror vi under en längre tid kommer att ha endast en dominerande variant, säger Tapio Seiskari, överläkare på Fimlab.
Sekvensering av coronaviruset ger en bättre bild av virusvarianterna i Finland. Med sekvensering utreder man virusets genom. Det här berättar av vilken variant viruset är, vilket kan hjälpa i smittspårningen.
– Med sekvenseringen ser vi på nukleosnivå vilket virusets genom är. Det jämför vi med genomen på SARS-CoV-2, och ser vilken variant det är frågan om, säger Tapio Seiskari, överläkare och specialistchef inom mikrobiologi på Fimlab.
Fimlab är ett laboratorium ägt av ett antal sjukvårdsdistrikt och samkommuner. Laboratoriet utför test tillsammans med myndigheterna, och eftersom sekvenseringen utgår från PCR-test finns det en stor testbas att utgå från. PCR-testen är de coronatest som normalt utförs när en person coronatestas.
– När en person testar positivt för coronaviruset kan vi undersöka provet närmare. Då kan vi se vilken sekvens viruset har, och bestämma vilken variant det är, säger Seiskari.
Större insikt i hur viruset sprider sig
Med sekvenseringen kan laboratoriet sedan sammanställa en översikt över hur viruset spridits i samhället. Sekvenseringen ger inte svar på hur virusvarianterna smittat på individnivå, men visar en helhetsbild över varianternas spridning.
– Det ger oss en djupare förståelse för epidemin. Sekvenseringen håller oss uppdaterade om läget.
vill ändå poängtera att viruset muteras konstant, vilket kan göra att nya varianter uppkommer.
Hur kan sekvenseringen av viruset hjälpa till konkret? – Det är en bra fråga. På ett allmänt plan ger det en bild av de varianter som rör sig i Finland. En del av dem är svårare att se med viss diagnostik, och en del kanske vaccin biter sämre på. Det här kan vara bra att veta, säger Seiskari.
En dominerande variant sannolik
Trots att det är sannolikt att fler varianter kommer att spridas i Finland tror Seiskari att vi endast kommer att se en dominerande variant åt gången. Han tror inte att en variant kommer att dominera i en region, medan en annan variant dominerar i en annan.
– Det är sannolikt att en dominerande variant ersätts med en annan efter ett tag. Det är nog möjligt att vi har några olika varianter som sprids, men jag tror vi under en längre tid kommer att ha endast en dominerande variant.
Är det möjligt att med hjälp av sekvenseringen anpassa åtgärderna i samhället enligt vilken variant som är dominerande i olika regioner? – Det tror jag inte. Åtgärderna i samhället biter lika bra på alla varianter, så jag ser det inte som sannolikt med olika åtgärder i olika regioner, beroende på vilken variant som är aktiv, säger Seiskari.
Och eftersom sekvenseringen är en omfattande process i sig är metoden mer lämpad för att ge just en överblick över epidemiläget i landet, snarare än att snabbt reagera och göra punktinsatser.
– Vi ska följa med läget och se hur omfattande det är motiverat att sekvensera viruset. Vi har en bra bild av läget just nu, säger Seiskari.