Brittiska virusdetektiver ger sitt allt
Det började med ett ovanligt provsvar i sydöstra England. Två månader senare skakades Storbritannien av en dödlig coronavåg. Forskarna berättar om jakten på den brittiska varianten som nu också förekommer i Finland.
Sedan ett år tillbaka har forskare i Storbritannien jobbat mot ett gemensamt mål – att spåra hur coronaviruset förändras.
– Jag plockade upp telefonen, ringde mina kollegor och sa ”vi måste börja sekvensera det här viruset”, säger mikrobiologen Sharon Peacock som leder gruppen av forskare.
De senaste dagarna har oklarheter och konflikter avslöjats kring tolkningen av lagar och paragrafer. Det är inte bra och inte det vi nu behöver. Det tär på det som är en av styrkorna i vårt land – förtroendet. Susanna Ginman i ledaren
Något konstigt håller på att hända i Kent, grevskapet öster om London. Av någon anledning minskar inte fallen av covid-19.
Det är november och England har stängt ner samhället för andra gången. Regeringen hoppas att nedstängningen ska få bukt med smittspridningen så att britterna kan fira jul tillsammans.
Kent är ett brokigt grevskap. Här finns den historiska staden Canterbury, välbärgade och lummiga byar och Folkstone och Dover – knutpunkter för dem som reser över Engelska kanalen. I grevskapet finns också Englands allra fattigaste områden. I kuststaden Margate var den förväntade medellivslängden åtta år kortare än i resten av landet, redan innan pandemin bröt ut.
De fattigaste områdena i Kent skakas så hårt av viruset i november att det talas om en ny våg. Forskarna är förbryllade. Det verkar som om befolkningen följer reglerna och är ännu mer rädda för viruset än tidigare.
– Alla känner någon som insjuknat eller dött, säger en invånare i det fattiga distriktet Swale, till Independent.
Det har varit ett tungt år. Storbritannien har redan skakats hårdare av pandemin än många andra länder i Europa. Många har dött. Många har insjuknat. Ekonomin går dåligt. Julen är en ljuspunkt. Den kommer snart att ställas in. Det som händer i Kent kommer snabbt att sprida sig över hela landet. Viruset har bytt skepnad – men ingen vet ännu hur eller varför.
Under hösten 2020 studerar Ravi Guptas forskningsgrupp en patient i Cambridge med ett försvagat immunförsvar. Patienten har haft covid-19 i tre månader och behandlats med plasma. Viruset har muterat snabbt och ofta i patientens lungor.
Ravi Gupta är professor på universitetet i Cambridge och har ägnat sin karriär åt att studera hur virus förändras. Före pandemin låg hans fokus på hiv. För två år sedan visade hans forskningsgrupp att viruset utplånats i en hiv-positiv man som behandlats med stamceller. Mannen beskrevs som botad. Guptas forskning innebar att han i fjol utnämndes till en av årets hundra mest inflytelserika personer av magasinet Time.
Då pandemin slog till riktade Ravi Gupta blicken mot coronaviruset. Steven Kemp, en av forskarna i gruppen, fick i uppdrag att undersöka om mutationerna de upptäckt i patienten kunde hittas i andra patienter i världen. Det fanns mycket data från Storbritannien, landet hade i ett tidigt skede börjat bygga upp ett stort bibliotek över de olika varianterna av viruset.
I november upptäckte Kemp något konstigt. Samma virusvariant verkade finnas i ett stort antal nya fall i Storbritannien. Det riktigt oroväckande ansågs vara att de nya mutationerna påverkade taggarna som binder viruset till människoceller. Det kunde eventuellt göra att viruset smittar snabbare än tidigare.
Den 2 december skickade Steven Kemp ett mejl till Ravi Gupta för att berätta om sin upptäckt.
– Det var chockerande. Jag hade aldrig sett så många mutationer tidigare, säger Gupta till HBL.
Mutationerna hade inte kommit från hans patient, men Ravi Gupta anser att de måste ha uppstått i en liknande patient, en person med ett försvagat immunförsvar som varit sjuk i covid-19 en längre tid. Han och gruppen meddelade sina kollegor och de brittiska myndigheterna om sin upptäckt. Redan då ringde varningsklockorna i Westminster.
Det är fem dagar kvar till jul och premiärminister Boris Johnson håller presskonferens. Regeringens medicinska rådgivare har varnat för att den nya varianten som hittats i Kent kan smitta betydligt lättare än tidigare varianter av covid-19. London och sydöstra England stängs ner.
Den genomiska epidemiologen Catherine Ludden tittar på pressträffen och inser att det inte blir någon ledighet över julen.
Hon har, liksom Gupta, ägnat sitt liv åt att studera mikroorganismer. Efter en tid i Stockholm där hon arbetade med gensekvensering för EU:s smittskyddsmyndighet återvände hon till Storbritannien och blev verksamhetsdirektör på COGUK, som spårar varianter av coronaviruset.
– Min första tanke när jag hörde presskonferensen var att vi måste samla ihop teamet.
Kollegorna var utmattade. Många hade jobbat dygnet runt med viruset och tagit ledigt över julen – men alla ställde in sina ledigheter.
– Vårt jobb behövdes mer än någonsin.
Universitet öppnade avdelningar som stängts under högtiden. Kollegor smög bort från julmiddagarna för att ladda upp data. Catherine Ludden såg till att testresultat skickades till rätt laboratorier.
De visste att om Storbritannien
skulle ha möjlighet att förstå vad som höll på att hända, då måste det finnas uppgifter över hur många fall av virusvarianten som fanns. Och hur snabbt de fallen ökade.
Den nya varianten får ett eget namn: B.1.1.7. I början av november ansågs den ha orsakat drygt 30 procent av alla fall av covid-19 i London. Drygt en månad senare låg den bakom över 60 procent av fallen. Redan före jul uppskattar brittiska forskare att den är 70 procent mer smittsam än tidigare varianter.
Den nya varianten har 23 mutationer som skiljer den från viruset som först uppdagades i Wuhan i Kina. Brittiska forskare beskriver ofta hur den sticker ut, på en alldeles egen gren på trädet över mutationer.
Sjukhusen larmar om både brist på vårdplatser och syre, och hela England stänger ner i början av januari. I slutet av månaden har över 100 000 personer dött av covid-19 i Storbritannien – hälften av dödsfallen inträffade efter november.
Virusvarianten kallas nu den ”brittiska varianten” eller ”Kent-varianten”. Kring jul började många länder stänga gränserna till Storbritannien. Men varianten hade redan före årsskiftet hittats i Nederländerna, Danmark, Australien, Kalifornien och Florida. Den 26 januari ligger den bakom hälften av alla nya fall av covid-19 i Nederländerna. I USA varnas det för att varianten kan slå till som en ”orkan” mot landet under våren. I Finland är det den som får skulden för smittspridningen.
– Med den brittiska virusvarianten är situationen svårare, säger statsminister Sanna Marin då hon meddelar att Finland stänger ner i tre veckor.
Varianterna som upptäckts i Sydafrika och Brasilien får också stor uppmärksamhet eftersom de kan påverka hur effektiva vaccinerna mot viruset är. Men det som oroar de brittiska forskarna är att det kan finnas betydligt fler varianter – och att det kan ta tid innan de hittas.
Om du ska hitta en virusvariant någonstans så hittar du den högst troligtvis i Storbritannien, eftersom vi har en så noggrann övervakning av viruset, säger Catherine Ludden på COG-UK.
Organisationen, vars förkortning står för Covid-19 Genomics UK Consortium, grundades av ledande forskare i mars i fjol. Sharon Peacock är mikrobiolog och professor vid Cambridge University och direktör för COG-UK.
– Jag plockade upp telefonen, ringde mina kollegor och sa ”vi måste börja sekvensera det här viruset”.
Hon beskriver det som att försöka bygga ett flygplan som redan håller på att lyfta. Slutresultatet blev enligt henne ett samarbete, där forskarna lagt åt sidan det egna egot för att jobba mot ett gemensamt mål – att spåra hur viruset förändras.
Det finns en stor expertis inom gensekvensering i Storbritannien. Många av forskarna som träffades för att grunda COG-UK hade tidigare arbetat med ebola, hiv och sjukhusbakterien MRSA. Gruppen fick snabbt regeringens stöd och gavs 20 miljoner pund för att börja spåra, analysera och bygga upp en databas över hur det nya coronaviruset förändrades.
Vanliga covid-19-tester avslöjar inte vilken variant av viruset man smittats av. Det görs i särskilda laboratorium, där sekvenseringsmaskiner läser virusets genetiska kod. Det är forskning där Storbritannien nu anses vara världsledande. Mellan fem och tio procent av alla positiva provsvar av covid-19 i landet skickas vidare så att virusets genom kan avläsas.
– Om vi inte sekvenserar virusets dna så hittar vi inte några varianter, säger Sharon Peacock.
Och om man inte har koll på hur viruset utvecklas, då är det svårare att förklara varför smittspridningen stiger kraftigt så som den gjorde i Kent och svårt att veta vilka åtgärder som behövs. Spårningen kan också förklara var de olika varianterna av viruset uppstått.
Nu går vaccineringen hand i hand med övervakningen av virusets dna.
– Det är en katt och råtta-lek. Viruset kommer att fortsätta försöka hitta svagheter i vårt immunförsvar.
Nästa steg är att undersöka hur vaccinerna påverkar viruset, säger Sharon Peacock.
– Det skulle inte alls överraska mig om vi måste modifiera vaccinerna i framtiden eftersom viruset utvecklas.
Ravi Gupta är inne på samma linje.
– Vi måste minska antalet fall. Med en stor smittspridning och många infektioner blir mutationer, som i vanliga fall är ovanliga, mycket vanligare. Det kan ha en inverkan på vaccinerna i framtiden.
❞ Det är en katt och råtta-lek. Viruset kommer att fortsätta försöka hitta svagheter i vårt immunförsvar.
Sharon Peacock mikrobiolog och professor vid Cambridge University och direktör för COG-UK.