Wannseen konferenssi
Saksan virkamiehet ja poliisijohtajat pitivät 20. tammikuuta 1942 kokouksen Reinhard Heydrichin kanssa suuressa huvilassa Wannseejärven rannalla Berliinin arvostetussa esikaupungissa. Heydrich oli Saksan Valtakunnan pääturvallisuusviraston (RSHA) päällikkö, joka vastasi Kolmannen valtakunnan turvallisuudesta ja valvonnasta. Hänet nimitti virallisesti Hermann Göring 31. heinäkuuta 1941, ja hänen tehtävänsä oli löytää "lopullinen ratkaisu" juutalaiskysymykseen. Heinäkuun puolivälissä 1941 siihen kuului juutalaisten evakuointi Itä-euroopan valloitetuilta alueilta, mutta ennen Heydrichin ja virkamiesten tapaamista Wannseellä käsite "evakuointi" tarkoitti tuhoamista.
Tammikuun 20. päivän kokouksessa Heydrich esitteli Euroopan juutalaisväestön suuruudeksi yli 11 miljoonaa ihmistä. Luvun oli laskenut hänen avustajansa, Gestapon upseeri Adolf Eichmann. Luvan organisoida kaikkien Euroopan juutalaisten joukkokarkotuksen Heydrich oli saanut lähimmältä esimieheltään, Heinrich Himmleriltä. Hän oli eliittijärjestö SS:N johtaja, ja Himmler toimi melko varmasti Hitlerin puolesta. Tarkkaa ajankohtaa, milloin Hitler antoi käskyn Euroopan juutalaisten joukkotuhosta, ei tiedetä. Useimmat historioitsijat sijoittavat päätöksen marraskuuhun tai joulukuun alkuun 1941, mutta tiettyjen vallattujen Neuvostoliiton alueiden juutalaisryhmien joukkomurhat alkoivat jo kesäkuussa 1941. Hitler hyväksyi elokuussa 1941 juutalaisten naisten ja lasten surmaamisen Venäjällä, ja syyskuussa 1941 tapettiin miehiä Serbiassa. Warthegaun ja Galician entisten puolalaisalueiden juutalaiset tuhottiin, ja 15. lokakuuta alkoivat saksalaisten juutalaisten kuljetukset itään. Päätös juutalaisten tuhoamisesta tehtiin näin vaiheittain vuoden 1941 jälkipuoliskon aikana. Wannseen kokous oli Heydrichin mahdollisuus koota kaikki kansanmurhasuunnitelman langat yhteen.
Uuden suunnitelman toteuttamiseksi miehitetyille puolalaisalueille Chelmoon, Sobiboriin, Bełżeciin, Treblinkaan, Majdanekiin ja Auschwitz-birkenauhun rakennettiin erityisiä tuhoamisleirejä. Leirien ja kaasukammioiden rakennustyöt olivat alkaneet vuonna 1941, ja niissä voitiin surmata samanaikaisesti suuria määriä uhreja hiilimonoksidilla, tai – kuten Auschwitzissa
– tuholaismyrkky Zyklon-b:llä. Ensimmäinen leiri ja kaasukammiot otettiin käyttöön maaliskuussa 1942, mutta silloin noin 1,4 miljoonaa juutalaista oli jo kuollut. Useimmat heistä olivat menehtyneet Neuvostoliitossa, jossa armeijan perässä etenevät erikoisjoukot surmasivat juutalaisia mahdollisena uhkana saksalaisten sotaponnistuksille. Himmler pelkäsi, että sellaiset "satunnaiset surmat" rasittaisivat teloitukset suorittavia Ss-joukkoja, joten hän asetti etusijalle teollismuotoisen surmaamisen tuhoamisleireillä. Leireillä kuoli maaliskuusta 1942 aina kaasutusten loppumiseen lokakuussa 1944 noin 3,7 miljoonaa juutalaista. Useimmat olivat Puolasta, Baltian maista ja Tšekkoslovakiasta.
Euroopan juutalaisten kansanmurha organisoitiin Berliinissä Saksan johtajien ohjauksella, mutta moni ei-saksalainen toimija auttoi sen toteutuksessa. Romaniassa oli pitkät antisemitistiset perinteet, ja sotaa Neuvostoliittoa vastaan käytettiin verukkeena suuren määrän Romanian juutalaisia murhille ja karkotuksille. Etelässä Ukrainassa romanialaiset miehitysarmeijat tekivät oman juutalaisväestön kansanmurhansa. Baltian maissa ja Ukrainassa saksalaismiehittäjiä tervehtivät innokas paikallinen miliisi ja poliisi, jotka olivat valmiita ahdistamaan ja surmaamaan juutalaisia. Saksalaiset saivat kaikkialla miehitetyssä Euroopassa apua paikallisväestöltä ja paikallisilta fasisteilta juutalaisten kokoamisessa ja pakkokuljetuksissa. Vain Tanskassa lähes kaikki juutalaiset pelastuivat, koska heidät kuljetettiin salaa Ruotsiin. Unkarin hallitus onnistui vastustamaan karkotusvaatimuksia aina vuoteen 1944, jolloin Saksa miehitti maan. Puolet Unkarin juutalaisista menehtyi Auschwitz-birkenaussa vuoden 1944 viimeisinä kuukausina. Kansanmurha oli niin saksalainen kuin eurooppalainenkin rikos.