Salainen sota: Vakoojia, koodeja ja väärää tietoa
Salainen vakoilun, väärien tietojen ja koodien sota nousi arvoonsa sodan jatkuessa, kaikissa siihen osallistuvissa maissa. Salaisella sodalla oli kaksi päätavoitetta: anastaa tietoa vihollisen strategisista ja operatiivisista suunnitelmista ja vihollisen vahvuuksista ja heikkouksista. Toisinaan avautui myös mahdollisuus huijata vihollista väärennetyillä operatiivisilla suunnitelmilla ja saada vihollinen paljastamaan joukkonsa vahingossa.
Hohdokkain alue, joka monella mitalla menestyi heikoimmin, oli vakoilu. Useimmat vakoojat saatiin kiinni heidän toimiessaan vihollisen alueella, ja heidät värvättiin monasti kaksoisagenteiksi. Iso-britanniassa oli kaksoistoiminnalle oma organisaatio, Xx-komitea, joka oli perustettu J.C. Mastermanin johdolla syyskuussa 1940. Sen onnistui "käännyttää" useita saksalaisia vakoojia ja lähettää harhaanjohtavaa tietoa Saksan vastavakoilujärjestö Abwehrille. Melkein kaikki saksalaisvakoojat jäivät kiinni, mutta niin kävi myös brittivakoojille miehitetyssä Euroopassa. Menestyksekkäimmät vakoojat olivat neuvostoliittolaisia, mutta he vakoilivat sekä liittolaisiaan että vihollista. Kommunistisella vakoilurengas Punaisella orkesterilla oli päämaja Göringin ilmailuministeriössä Berliinissä, kunnes se paljastui 1942, mutta neuvostovakoojat IsoBritanniassa ja Usa:ssa selviytyivät paljastumatta vuosikausia. Viisikko Cambridgen viitoset toimi brittien tiedusteluorganisaatioiden MI6 ja MI5 sydämessä ja pitivät yhteyttä Neuvostoliiton salaisen poliisin (NKVD) Lontoon-kontakteihin säännöllisillä tiedonannoilla. Tyynenmeren sodassa liittoutuneet vakoilivat vähän, kun japanilainen vakoojaverkosto Havaijilla ja Usa:ssa lähetti hyödyllistä tietoa ennen Pearl Harboria, muttei juurikaan sen jälkeen.
Vakoilu oli vaarallinen ja epäluotettava tiedonhankintamenetelmä. Paljon suurempia odotuksia kohdistettiin sodan aikana vihollisen
koodien ja salausten murtamiseen. Sitä tehtiin säännöllisesti useimmilla rintamilla, mutta tärkeintä oli salata viholliselta, että sen koodit oli murrettu. Liittoutuneet olivat todella hyviä murtamaan saksalaisten ja japanilaisten koodit ja estämään tietoa vuotamasta takaisin Saksan ja Japanin asevoimille. Saksan koodauslaite Enigma, jonka saksalaiset uskoivat olevan murtamattoman, luettiin ensimmäisen kerran 1940. Vaikka saatu tieto ei ollut täydellistä, Ultra-viestintää pystyttiin sodan loppupuolella lukemaan nopeasti ja rutiininomaisesti. Pyrkimys estää liittoutuneita lukemasta salaista viestintää oli itsessään suuri tiedusteluoperaatio. Saksalaiset uskoivat, että Enigma oli mahdoton murtaa ja liittoutuneet saivat tiedot muista lähteistä. Tilanne oli sama Tyynellämerellä, missä amerikkalaiset lukivat japanilaisten diplomaattiviestintää (PURPLE tai MAGIC). Näin oli mahdollista saada arvokasta etukäteistietoa japanilaisten liikkeistä Pearl Harborin katastrofin jälkeen.
Salaisen sodan kolmas ja ehkä tärkein tekijä oli väärä tieto, jolla pystyttiin vaikuttamaan kokonaisiin operaatioihin. Liittoutuneet menestyivät tässä erityisesti. Neuvostoliittolaiset lähettivät väärää tietoa operaatio Uranuksesta marraskuussa 1942 ja Bagrationista kesällä 1944. Nopeat voitot kummallakin kerralla johtuivat akselivaltojen valmistautumattomuudesta. Kuuluisin esimerkki väärästä tiedosta oli operaatio Fortitude Normandian maihinnousun edellä. Etelä-englantiin sijoitettiin kokonainen kuvitteellinen armeijan yksikkö ja valetankkeja ja leirejä todistamaan Hitlerille, että hyökkäys oli tulossa Kanaalin kapeimmasta kohdasta. Saksan tiedustelulle syötettiin myös vääriä toimintakäskyjä Britannian ja USA:N kaksoisagenttien kautta. Kaikki tämä tapahtui niin todenkaltaisesti, että Hitler määräsi suuret joukko- osastot pysymään Pas-de- Calais'ssa, vaikka Normandian maihinnousun torjumisessa tarvittiin epätoivoisesti apuvoimia. Britit olivat erityisen taitavia väärennetyissä suunnitelmissa, mutta niiden teho riippui myös vihollisen herkkäuskoisuudesta. Saksan asevoimia tämä peli ei kiinnostanut, ja ne olivat siksi helppo kohde brittien kekseliäisyydelle. Liittoutuneet näkivät tiedustelun paljon suuremmassa määrin omana aselajinaan kuin akselivaltiot.