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En 2006, Johann a seize ans. Il s’inscrit sur Internet aux sélections de la Rookies Cup, une nouvelle formule organisée dans le cadre des Grands Prix pour découvrir de nouveaux talents dont il apprend la création dans la presse spécialisée. Retenu pour y participer, le Français remporte cette première édition avec quatre victoires et sept podiums en huit courses. Il décroche une place avec la MotoGP Academy pour courir en Espagne. Il n’y restera que quelques semaines.