Covid-19 : ce que la science a appris sur ce coronavirus imprévisible
Un an après le premier épisode de confinement, que sait-on vraiment de ce SARS-CoV-2 ? Que nous ont appris les études sur sa généalogie et son adaptation à ses nouveaux hôtes que nous sommes ? Quelles sont les dernières révélations de la science sur cet ennemi mondial microscopique ? Bilan de santé du coronavirus, de ses mutations et des espoirs de s'en débarrasser.
D'OÙ VIENT-IL ?
Le compte rendu de la délégation de chercheurs qui vient de rentrer de Chine sous la bannière de l'OMS pour enquêter sur les origines du coronavirus devenu pandémie ne nous a pas appris grandchose : aucun argument confortant l'une ou l'autre des différentes hypothèses sur l'origine du virus. Sortie du Laboratoire P4 ? Pangolin ? Marché aux animaux de Wuhan ? Aucune certitude. Mais les microbiologistes français ne s'en étonnent pas : alors que les chercheurs de cette délégation étaient complètement encadrés par les autorités chinoises, pouvait-on s'attendre à des révélations ? Seul espoir, peut-être cette première ouverture très modeste des frontières permettra-t-elle à d'autres enquêteurs d'aller un peu plus loin.
Car pour Étienne Decroly, virologue au CNRS et spécialiste des virus émergents au laboratoire Architecture et fonction des macromolécules biologiques à Marseille, faire aboutir cette enquête est essentiel. « Pas question d'imaginer des scénarios complotistes. Mais nous avons besoin de comprendre l'origine du SARS-CoV-2 pour éviter de voir la même situation se reproduire dans quelques années. Concernant l'origine du virus nous possédons deux certitudes permettant de comprendre les chaines de transmissions originelles. Des virus cousin du SARS-CoV-2 ont été échantillonnés chez les chauves-souris du Sud de la Chine et du Cambodge. Et l'épidémie a manifestement explosé initialement à Wuhan. Actuellement, Il nous manque tous les maillons de la chaîne de transmission et nous ne disposons que d'hypothèses. »
Concernant la généalogie du CoV-2, différents scénarios ont été élaborés. Le plus inquiétant est celui d'un virus créé par un laboratoire pour terrasser l'humanité, comme dans le film de Terry Gilliam sorti en 1995 : "L'armée des douze singes". Plus sérieusement, le virus ancestral est sans doute un microbe de chauve-souris puisque 96% de son patrimoine génétique est identique à celui du virus RaTG13 identifié sur ces animaux dans une mine du Yunnan en 2013. On a longtemps pensé qu'un autre mammifère lui aurait servi d'hôte intermédiaire. Mais la responsabilité du pangolin a été écartée et, selon certains virologues, il a pu se transmettre directement d'une chauve-souris à un humain.
Une piste s'intéresse à cette mine de cuivre du Yunnan, située à 1.500 km de Wuhan. En 2012, une épidémie de pneumonie sévère avait frappé six mineurs y travaillant et fait trois morts. Par la suite, plusieurs nouveaux coronavirus ont été identifiés dans cette mine, dont ce cousin RaTG13, le plus proche actuellement connu du SARS CoV-2. Ainsi que d'autres pour lesquels les séquences génétiques n'ont pas été publiées. Ces coronavirus étaient en cours d'études dans différents laboratoires chinois, comme l'un de ceux de Wuhan. Selon Étienne Decroly, le scénario de l'accident de laboratoire avec l'échappement d'un de ces virus dans la nature n'est pas impossible. Même si ces accidents restent très rares, puisque les virus dangereux sont étudiés dans des laboratoires de haute sécurité P3 ou P4.
Le spécialiste des nouveaux virus évoque aussi les risques que posent certaines études sur les phénomènes de "saut de barrières" d'espèce. « Certains laboratoires mènent des expériences de transfert de virus d'une espèce animale vers une autre pour comprendre les mécanismes de franchissement de barrière. Leur compréhension permet de développer des outils pour mieux surveiller les virus existants et se prémunir de l'émergence de zoonoses. Mais cette pratique comporte des risques. En étudiant ces processus il est possible de sélectionner des virus capables d'infecter plus efficacement des cellules humaines et donc potentiellement dangereux chez l'homme. » Selon d'autres chercheurs, le fait que le CoV-2 possède une particularité qui lui permette d'infecter les cellules humaines de façon exceptionnelle alimente aussi les doutes. Un des coronavirus trouvé dans la mine du Yunnan (aujourd'hui interdite d'accès) et modifié en labo pour mener des expériences aurait-il pu s'échapper par défaut de sécurité ?
Concernant l'origine de l'épidémie de CoV-2, les études se poursuivent et devront se concentrer sur tous les prélèvements issus des premiers patients contaminés de par le monde, pour essayer de remonter à la source initiale de l'infection : le patient zéro. Les difficultés actuellement rencontrées par l'OMS dans cette recherche suggèrent aussi qu'il faudra redéfinir les moyens d'investigation de l'Organisation en cas d'épidémie. « Sa mission doit être la protection de la population mondiale face à l'émergence des épidémies, mais elle n'a pas les moyens suffisants pour l'assurer », estime Étienne Decroly. Peut être devra-t-on renégocier ses mandats pour améliorer son efficacité. L'Organisation devrait disposer d'un accord préalable pour envoyer ses enquêteurs lors de l'émergence d'une épidémie - quel que soit le pays touché- « afin d'identifier l'origine du microbe et de maîtriser au mieux son extension.»
COMMENT NOUS CONTAMINE-T-IL ?
La question revient sur les lèvres à chaque annonce de fermeture d'établissements ou de confinement provisoire. Est-on plus facilement contaminé dans un bar ou dans un musée, que dans le métro ou à La Poste ? Sur le sujet, peu d'études mesurent encore bien le risque de contamination réel suivant les situations.
Première certitude : la contagion se fait essentiellement par le souffle. Le virus se loge dans le nez et la gorge, il est porté par les micro postillons de l'air que l'on expire. De ce fait, le port du masque est indispensable pour éviter de distribuer ses miasmes tout autour de soi, en particulier lorsque l'on parle fort, que l'on rit et que l'on tousse.
Deuxième certitude : le risque reste très limité à l'extérieur avec seulement 6 à 7% des clusters issus de ce type de rassemblements. Comme le confirme Xavier Lescure, spécialiste des maladies infectieuses à l'hôpital Bichat-Claude Bernard : « Il est peu probable que les gens se contaminent dans la rue, sauf aux terrasses de bar, dans les rassemblements denses ou les rues bondées. Chanter, rire ou éternuer génère des postillons qui peuvent aller plus loin que deux mètres devant soi voire générer des aérosols. » Si le taux de contamination augmente lors des épisodes de pollution, deux hypothèses doivent être départagées. Le virus s'accroche-t-il aux atomes de polluant, contaminant ainsi ceux qui le respirent ? Ou bien les personnes qui vivent dans des régions polluées risquent-elles plus de développer des formes graves parce que leur organisme est affaibli par la pollution ?
Troisième certitude : le risque de contamination est plus fréquent en milieu clos avec des facteurs aggravants clairement définis : le temps passé et la densité de personnes, sans parler du masque sur le menton. Mais où et dans quelles conditions ?
Selon une étude de l'Institut Pasteur, les cercles les plus propices restent le milieu familial (33 %), le milieu professionnel (29 %) et le milieu amical, avec des situations où l'on passe un moment à échanger un café ou un repas : on parle fort, sans masque et, convivialité aidant, on en oublie les gestes barrière. En même temps, les principales identifications se faisant autour des cas contacts, il est difficile de mesurer les risques réels dans des lieux où l'on croise de nombreux inconnus, comme les bars ou les transports en commun.
« Souvent, on ne sait pas où la personne a été contaminée, confirme Xavier Lescure. Mais même sans études médicales confirmées, on peut garder une part de bon sens et comparer les situations avec la contamination dans d'autres maladies respiratoires proches comme celle de la grippe ou des rhumes. Au bout d'un an, on sait quand même à peu près comment se déroule la contamination même s'il existe toujours une part d'incertitude notamment pour la question des aérosols. Les aérosols restent plus longtemps en suspension dans l'air que les postillons qui retombent plus vite. »
Pour confirmer les intuitions en l'absence d'applications de suivi, les enquêtes doivent adopter d'autres méthodes que le simple questionnaire. Lors de la première vague, des chercheurs américains s'étaient penchés sur la géolocalisation des mobiles des cas contaminés, ainsi que sur les principaux déplacements dans les grandes métropoles. Publiée dans la revue Nature le 10 novembre dernier, les résultats de leur étude sont clairs : on se contamine surtout dans les restaurants, salles de sport, bars, hôtels et lieux de rassemblements religieux. Récemment, des études ont bien montré que pendant la première vague, les serveurs de bar ont été les plus contaminés, juste après les soignants.
Enfin, au-delà des micro postillons qui sont devenus aussi célèbres que le Rzéro, les emballages des supermarchés et les poignées de portes semblent moins contaminants qu'on ne le pensait au début. Xavier Lescure refait un point sur ces autres modes de contamination : « Le virus peut aussi être transmis par contact avec la peau d'une personne contaminée qui aurait toussé ou soufflé sur sa main, beaucoup moins par contact avec une surface qui aurait été contaminée par des micro postillons et encore plus rarement par aérosolisation, c'est-à-dire par respiration de l'air qui aurait été contaminé par le souffle d'un passant. » Ce qui n'empêche pas de se laver les mains et de pratiquer le gel hydro alcoolique... ça protège toujours de la gastro.
COMMENT S'ADAPTE-IL ?
Un sujet sur lequel tous les scientifiques s'accordent, le CoV-2 réagit comme tous les organismes vivants : il s'adapte à son écosystème - c'est-à-dire nous - avec un instinct de survie. Et comme tout organisme vivant, il tend à se multiplier le plus possible, quitte à devoir évoluer pour se montrer plus performant. Du coup, à chaque cycle de réplication, de nombreux nouveaux virus, des variants légèrement différents, sont produits. La majorité d'entre eux sont des mutants moins performants et vont disparaitre. D'autres, comme le célèbre "variant anglais" gagnent en efficacité de transmission et remplace rapidement ses prédécesseurs. Plus récemment il a été rapporté qu'il pourrait aussi être responsable de plus de complications graves. Un phénomène auquel on s'attendait, comme l'explique Julia Dina, maître de conférences et praticien hospitalier au CHU de Caen : « Les virus de ce type ne restent pas figés, ils produisent toujours un grand nombre de variants, par défaut de mécanismes de corrections au cours de la réplication de ces virus dans nos cellules. Ces variants sont plus ou moins dangereux en fonction de leurs caractéristiques, ce qui explique la manière dont ils s'imposent à la place du virus initial. Actuellement, les virologues s'inquiètent de la mutation E484K rapportée initialement dans le variant sud-africain. »
Depuis, cette mutation dont on entend parler a été mise en évidence dans d'autres variants identifiés dans le monde. Une convergence qui s'explique sans doute par le fait qu'elle pourrait donner un petit avantage aux virus qui ont subi un "bug" en se répliquant dans nos cellules. Ils sont ainsi devenus plus performants que le SARS-CoV-2 "original" pour contaminer et infecter. « Cette mutation E484K induit d'une petite modification à la surface du virus, sur la protéine Spike qui lui permet d'entrer dans nos cellules », explique Bruno Coutard, professeur de virologie à l'Université Aix-Marseille. Cette nouvelle forme ne l'empêche pas de continuer à pénétrer dans les cellules pour les infecter, mais elle lui permet de ne plus être reconnu par les certains anticorps issus d'une première infection. Elle pose une nouvelle question : une fois bien adapté pour échapper à cette réponse immunitaire, la dérive génétique du virus est-elle arrivée à un point de non retour ? Ou peut-elle encore modifier cette partie pour échapper aux anticorps développées contre ce nouveau variant, tout en conservant son pouvoir infectieux ?»
Pour les épidémiologistes, une autre mutation sans que CoV-2 ait assez changé pour que nos cellules ne le laissent plus entrer pourrait transformer la Covid en maladie saisonnière comme la grippe. Une maladie que l'on peut attraper même si on l'a déjà eue. Et qui nécessite un rappel vaccinal chaque année avec un cocktail adapté aux nouvelles mutations de la saison. Un risque qui impose un suivi de la dérive génétique du virus pour ne pas se laisser prendre de court par ses mutants. « Quand un variant émerge, on mesure son impact suivant qu'il se révèle plus apte à contaminer, plus pathogène », conclut Bruno Coutard. « Suivre l'évolution des ces sous-populations virales que sont les variants aide à comprendre la dynamique de l'épidémie et à élaborer des modèles prédictifs. »
POURRA-T-ON S'EN DÉBARRASSER UN JOUR ?
Sur le sujet, la science nous a appris que l'éradication totale d'un nouveau virus est une illusion. Seule la variole a complètement disparu de la planète avec le vaccin, le virus n'existe plus que sous surveillance dans des laboratoires biologiques sécurisés. Mais un microbe de chauve-souris capable de s'adapter à l'homme pourra toujours revenir nous empoisonner la vie s'il trouve par hasard une nouvelle façon de muter efficace. Encore aujourd'hui, des micro phénomènes épidémiques de peste ou de choléra surviennent ça et là dans des pays où le système de santé est moins développé que le nôtre. Pour les réduire, nous devrions déjà revoir notre rapport à la nature et cesser de braconner des animaux sauvages exotiques et raser des forêts tropicales dans lesquelles notre espèce croise des virus inconnus qui pourraient en profiter pour s'intéresser sérieusement à nous.
Bien sûr, un triptyque tester/tracer/isoler efficace nous aiderait aussi à mieux maîtriser la propagation du virus et à en réduire l'impact. Bien sûr, des traitements efficaces et des vaccins bien calibrés et correctement distribués nous aideraient à diminuer l'engorgement des hôpitaux et le nombre de décès par Covid. Mais un an après le premier confinement, on est encore loin de l'efficacité des pays asiatiques comme Taiwan ou le Vietnam pour gérer la vie sociale en limitant le risque de contamination. Nous allons pourtant devoir apprendre à le faire sérieusement car même avec vaccin et traitements pharmaceutiques, la science nous a bien expliqué que nous allons devoir apprendre à vivre avec ce nouvel habitant de la planète et trouver des moyens pour maitriser sa propagation.
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