Accusé de violences par une députée en 2016
En 2016, avait ressurgi une affaire de violence datant de 2002 quand la députée écologiste Isabelle Attard l’avait interpellé à l'Assemblée nationale alors qu’il était ministre de l'Aménagement du territoire : "Vous l'avez frappée au visage, à plusieurs reprises" et "vous avez enfermé votre collaboratrice chez vous", puis "chassée", la laissant dans la rue "entièrement dévêtue et pieds nus", avait asséné la députée. "Comment osezvous encore vous présenter à l'Assemblée nationale?"
Le ministre lui avait répondu, affirmant: "On peut tout romancer, mais il y a eu une instruction judiciaire dans cette affaire et elle a été classée sans suite, ce qui prouve, vous l'imaginez, que les choses ne se sont pas passées comme vous le racontez". Une version contredite hors de l'hémicycle par Isabelle Attard, qui a affirmé devant la presse qu'il "n'y a jamais eu d'instruction judiciaire sur ce dossier puisqu'il a payé la victime pour qu'elle se taise". Jean-Michel Baylet, lui, n'a pas fait d'autres commentaires.
Dans une interview à BuzzFeed, l'enquêteur, qui a tenu à garder l'anonymat explique que la première fois qu'il a vu la plaignante, alors assistante parlementaire de Jean-Michel Baylet, "elle avait un visage tuméfié, elle était très marquée. Les pommettes gonflées, les yeux gonflés. Il y avait des hématomes: c'était bleu, gonflé. Elle avait le visage bouffi, traumatisé. Il était facile de constater que c'était des coups qui étaient à l'origine de ces marques".
Aujourd’hui le casier judiciaire de Jean-Michel Baylet compte une condamnation dans le cadre d'un dossier concernant sa gestion de la Dépêche du Midi. Jean-Michel Baylet fut condamné le 13 mars 2003 à six mois de prison avec sursis et 30 000 euros d’amende pour abus de biens sociaux, recel d'abus de biens sociaux, faux et usage de faux.