Η κατάλυση της εκκλησιαστικής κανονικότητας
Η δικτατορία του 1967 αποφάσισε να ελέγξει σύνολο το σώμα της Ιεραρχίας με την τοποθέτηση αρχιερέων, προσκείμενών της. Οι χριστιανικές αδελφότητες είχαν ισχυρές προσβάσεις στην ελληνική κοινωνία. Με τα έντυπά τους, «Ζωή», «Σωτήρ», «Ακτίνες», «Ελληνικό Φως», τους κύκλους, και τις συναθροίσεις, ασκούσαν επιρροή στην ελληνική πραγματικότητα. Η προσπάθεια αναδείξεως στην πολιτική του προέδρου της «Χριστιανικής Ενωσης Επιστημόνων», Αλέξανδρου Τσιριντάνη, δεν τελεσφόρησε, από φόβο κυρίως ότι ένα τέτοιο γεγονός θα καθιστούσε τον πολιτικό κόσμο της χώρας, αλλά και τα ανάκτορα, υποκείμενα στις χριστιανικές αδελφότητες και οργανώσεις, η δε δυναμική τους μπορούσε να ήταν πλέον ανεξέλεγκτη. Η δικτατορία του 1967, με την επισκοποίηση αρχιμανδριτών από τις χριστιανικές αδελφότητες, αποκτούσε ισχυρά και ποικίλα ερείσματα σε όλο αυτόν τον χώρο, οι δε οργανώσεις ισχυροποιούσαν τις προσβάσεις στις κρατικές δομές, ιδιαίτερα βέβαια στους πρώτους χρόνους της δικτατορίας, διότι και οι άνθρωποι των αδελφοτήτων στην πορεία θα αποστασιοποιηθούν από το καθεστώς. Βέβαια, οι αρχιερείς που εξελέγησαν στη δικτατορία από την Αριστίνδην Σύνοδο του Ιερωνύμου προήρχοντο από τις χριστιανικές αδελφότητες, όμως και από ιεραποστολικό ζήλο και φρόνημα διακατέχονταν και τον λαό του Θεού κατά κανόνα ανιδιοτελώς και χριστιανοπρεπώς διακόνησαν και υπηρέτησαν.
Ο Ιερώνυμος προχώρησε την περίοδο 1967-1971 σε εκλογές 29 μητροπολιτών, από την Αριστίνδην όμως Σύνοδο και όχι από το σύνολο σώμα της Ιεραρχίας, όπως συνέβαινε στην προ της δικτατορίας εποχή. Ετσι, ο Ιερώνυμος είχε ελέγξει αρκούντως την Ιεραρχία. Η εκκλησιαστική όμως κρίση επωαζόταν και διευρυνόταν από την αντιπαλότητα και την απαξίωση που αισθάνονταν ο Ιερώνυμος και ο σκληρός πυρήνας των υποστηρικτών του, στην προ της 21ης Απριλίου 1967, Πρεσβυτέρα Ιεραρχία. Δεν μπόρεσε να υπερβεί την παράμετρο της προσωπικής του πικρίας, όταν στις δεκατρείς αρχιερατικές εκλογές του 1965, η Ιεραρχία αγνόησε και δεν εξέλεξε μητροπολίτη τον εξηντάχρονο καθηγητή της Θεολογικής Θεσσαλονίκης, Αρχιμανδρίτη Ιερώνυμο Κοτσώνη, παρ’ όλες τις πιέσεις των ανακτόρων, πρωθιερέας των οποίων ήταν.
Η απαξίωση κορυφώθηκε με την αξιόμεμπτη πράξη του εξαναγκασμού επτά αρχιερέων σε έκπτωση ή παραίτηση. Για να αποφύγουν τη μεθοδευμένη συκοφάντησή τους, εξαναγκάσθηκαν οι πέντε αρχιερείς από το καθεστώς να υποβάλουν την παραίτησή τους, για λόγους υγείας και οι δύο να κηρυχθούν έκπτωτοι. Θύμα των ιδεολογικών εμμονών των τότε εκκλησιαστικών κρατούντων, υπήρξε και ο λαμπρός μητροπολίτης Θεσσαλονίκης Παντελεήμων Παπαγεωργίου, διαπρεπής και οραματιστής ιεράρχης, ο οποίος εξαναγκάστηκε σε παραίτηση.