Αντίδραση της Ιεραρχίας και παραίτηση του Ιερωνύμου
Ο Καταστατικός Χάρτης του 1969 όριζε ότι η Διαρκής Ιερά Σύνοδος (ΔΙΣ) θα διορίζεται με εκλογή των προέδρων των επιτροπών, από την Ιεραρχία της Εκκλησίας της Ελλάδος, όπως έγινε τον Μάρτιο του 1969. Η ΔΙΣ δεν θα συγκροτείται κατά την κανονική τάξη των πρεσβείων αρχιεροσύνης και με ίσο αριθμό αρχιερέων από την Αυτοκέφαλη Εκκλησία της Ελλάδος και τις Νέες Χώρες. Ο Οικουμενικός Πατριάρχης Αθηναγόρας εξέφραζε τη λύπη του για το γεγονός προς τον Γεώργιο Παπαδόπουλο, τον Φεβρουάριο του 1969, διότι ο νόμος καταργούσε την Πατριαρχική και Συνοδική Πράξη του 1928.
Στη συγκρότηση της επόμενης Διαρκούς Ιεράς Συνόδου, τον Νοέμβριο του 1972, η Ιεραρχία αντέδρασε σθεναρά και δυναμικά στη φαρμακίδειο, πολιτειοκρατική αντίληψη του Ιερωνύμου και των περί αυτόν ιεραρχών. Επικεφαλής υπήρξαν οι αρχιερείς Κορίνθου Παντελεήμων, Πειραιώς Χρυσόστομος και οι Ελευθερουπόλεως Αμβρόσιος και Φλωρίνης Αυγουστίνος, οι οποίοι προσέφυγαν στο Συμβούλιο της Επικρατείας. Ετσι, επέτυχαν στις 5 Απριλίου 1973 να ακυρωθεί η συγκρότηση της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου, με τη διαδικασία που είχε προβλέψει η δικτατορία.
Ο Ιερώνυμος, στις 25 Μαρτίου 1973, υπέβαλε παραίτηση, αλλά με κυβερνητική παρέμβαση την ανακάλεσε. Στις 10 Μαΐου 1973 συγκλήθηκε η Ιεραρχία και τέθηκαν σε ψηφοφορία η πρόταση του Ιερωνύμου για συγκρότηση της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου, με ψηφοφορία από την Ιεραρχία και η πρόταση της Πρεσβυτέρας Ιεραρχίας για τη συγκρότηση της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου, κατά τα πρεσβεία αρχιεροσύνης, όπως όριζε η πατριαρχική τάξη.
Για μία ακόμα φορά μετά το 1938, όταν παρ’ όλες τις πιέσεις του Μεταξά, η Ιεραρχία εξέλεξε Αρχιεπίσκοπο τον Δαμασκηνό, η Ιεραρχία της Εκκλησίας της Ελλάδος, στις 10 Μαΐου 1973, παρ’ όλη τη στήριξη του δικτατορικού καθεστώτος του Παπαδόπουλου προς τον Ιερώνυμο και τους περί αυτόν, αντέστη σθεναρά, ρωμαλέα και αποφασιστικά. Ολοι δε όσοι υποστηρίζουν ότι η Εκκλησία συστοιχίστηκε με τη δικτατορία, ας προσεγγίσουν τα γεγονότα χωρίς ιδεολογικές προκαταλήψεις και αγκυλώσεις, αλλά με αντικειμενικότητα και ρεαλισμό. Στην κρίσιμη και καθοριστική εκείνη συνεδρίαση της Ιεραρχίας της Εκκλησίας της Ελλάδος, τριάντα τρεις αρχιερείς ψήφιζαν εναντίον του Ιερωνύμου και είκοσι εννέα υπέρ αυτού. Ο Φλωρίνης Αυγουστίνος θα δηλώσει στην Ιεραρχία: «Πατριαρχικόν και Ιερωνύμειον σύστημα συνεκρούσθησαν, ενίκησεν όχι το “Αριστίνδην” του κ. Ιερωνύμου, αλλά το Πατριαρχικόν».
Το Συμβούλιο της Επικρατείας, τον Νοέμβριο του 1973, απέρριψε την προσφυγή των ιερωνυμικών εναντίον της παραπάνω απόφασης της Ιεραρχίας. Στις 15 Δεκεμβρίου 1973, ο Ιερώνυμος πλέον υπέβαλε τελικά την παραίτησή του.