Grottene i Vatikanet
Under basilikaen ligger kapeller som er dedisert til ulike helgener, i tillegg til gravkamre for konger, dronninger og paver tilbake til 900-tallet. Det aller helligste er St. Peters gravkammer. Han døde martyrdøden og ble korsfestet under keiser Neros forfølgelse av kristne. Gravkammeret, som ble oppdaget under en utgravning på 1940-tallet, inneholdt beinrester fra en mann i 60-årene og hadde inskripsjonen «Peter er her» på gresk. Forskerne er fremdeles uenige om levningene virkelig er hans.