Czy zmutowany wirus jest już w Polsce?

Skąd wiemy, że zmutowany SARS-CoV-2 jest bardziej zakaźny?

Wygląda na to, jakby w tym wariancie SARS-CoV-2 skumulował się ciąg złowrogich mutacji.

IRENA CIEŚLIŃSKA: Czy mamy już go w Polsce? TOMASZ LIPNIACKI*:

Angielski mutant dominuje w południowej Anglii i w Londynie, a jak wiadomo, jest to centrum transportu lotniczego. Przed świętami przyleciało do Polski z Londynu około 200 samolotów. Zdziwiłbym się, gdyby go nie było na pokładzie. Ale pewności nie mamy, bo nie ma żadnych danych z Polski.

A skąd w ogóle wiemy, że pojawił się nowy szczep? Czy garnitur genetyczny zarazka określa się za każdym razem, robiąc test choremu?

– W Wielkiej Brytanii określa się sekwencję genetyczną ok. 5 proc. wykrytych przypadków. W Danii więcej – ponad 10 proc. W Polsce mniej niż promil – na ponad milion wykrytych zakażeń wysłaliśmy do bazy GISAID, gdzie spływają wyniki ze wszystkich państw na świecie, zaledwie 350 genomów.

Czyli mamy nikłe pojęcie o tym, jakie i jak zjadliwe szczepy zakażają Polaków?

– Żeby kontrolować mutacje wirusa, istotne są dwie sprawy – jedna to sekwencjonowanie, czyli badanie jego genomu, przynajmniej u części chorych. Druga to szybkie raportowanie, czyli podawanie informacji o wynikach. Opóźnienie w raportowaniu w Wielkiej Brytanii wynosi dwa-trzy tygodnie, w Polsce – dwa miesiące (ostatnie nadesłane od nas genomy pochodzą z 17 listopada), a często znacznie więcej. Jeśli więc mało sekwencjonujemy, a w dodatku informacje o wynikach badań pojawiają się późno, to w zasadzie nic nie wiemy.

Informacja o nowym szczepie VOC-202012/01 pojawiła się w połowie października, choć genom został pobrany 20 września. Oczywiście, z racji tego, że wirus bez przerwy mutuje, informacja ta nie zwróciła niczyjej uwagi. Dopiero gdy liczba zachorowań w Kent i w Londynie zaczęła rosnąć mimo wprowadzonych restrykcji, zaczęto podejrzewać, że spowodowane jest to nowym szczepem.

– Patrząc na przyrosty liczby zakażonych jednym i drugim szczepem, można ocenić, o ile jeden ze szczepów wirusa jest bardziej ekspansywny od drugiego. Anglicy szacowali, że nowy szczep jest o 50 proc. bardziej zakaźny, ale z naszych oszacowań wynika, że potencjał zakażania nowego szczepu jest aż dwa razy większy niż szczepu zawierającego mutację Spike-A222V [to oznacza podmianę alaniny na tyrozynę na 222. miejscu łańcucha białka szczytowego, czyli białka Spike], który w listopadzie dominował na Wyspach.

Jeśli zmutowany wirus zakaża dwa razy skuteczniej, to powinniśmy zaostrzyć reżim sanitarny? Jeszcze dwukrotnie zmniejszyć liczbę kontaktów w stosunku do tego, co mamy dziś?

– Dokładnie.

Trudno mi jest to nawet sobie wyobrazić.

– Mnie też wydaje się to obecnie zupełnie nierealne, stąd ta panika w Anglii i stąd kolejne zaostrzenia i pośpiech w szczepieniach. A mimo to liczba przypadków rośnie.

Szczepionka zabezpiecza przed nowym wariantem koronawirusa?

– Nie mamy pewności, ale wszyscy podejrzewają, że tak. Osób zaszczepionych jest tak mało, że na razie jakiekolwiek wnioski wyciągać można tylko z historii ozdrowieńców, czyli tych, którzy przechorowali wariant bez mutacji. Przechorowanie daje podobną odporność jak szczepionka, a ozdrowieńcy nie wydają się ulegać nowemu szczepowi.

A czy mutacja zaszła w tym białku, które zostało wykorzystane do zrobienia szczepionki?

– Tak, zaszła we fragmencie genomu wykorzystanym do zrobienia szczepionki. Mutant nie pojawiłby się, gdyby nie doskonały poziom służby zdrowia w Wielkiej Brytanii. Podejrzenie jest takie, że zmutowany szczep pochodzi od pewnego pacjenta, którego udało się utrzymywać przy życiu przez ponad trzy miesiące, choć w końcu umarł. Przez ten czas w jego organizmie wirus się mnożył i zdobywał ewolucyjną przewagę, wzbogacił się nie o jedną mutację, zaszły w nim o wiele większe zmiany. W genie kodującym białko szczytowe doszło do sześciu mutacji (prowadzących do zmiany aminokwasu) i dwóch delecji (prowadzących do pominięcia aminokwasów), oprócz tego pojawiło się kilka mutacji w innych genach.

To, że szereg mutacji pojawił się w białku szczytowym Spike, odpowiedzialnym za połączenie wirusa z błoną komórkową, jest naturalne. To białko jest głównym celem naszego układu immunologicznego, naszych przeciwciał, dlatego zmiany w nim mogą przechytrzyć nasz system obrony.

Co gorsza, w Anglii, czego jeszcze zupełnie nie nagłośniono, bo to są dane z Wigilii, ten nowy wariant zmutował znacząco raz jeszcze.

Zaczynam się gubić: która to już mutacja?

– Mutacji jest bardzo dużo, ale większość z nich nie jest zbyt istotna. Pierwsza bardzo ważna Spike-D614G, zaszła jeszcze przed pierwszą wiosenną falą epidemii – ma ją obecnie ponad 99 proc. rozchodzących się na świecie wirusów SARS-CoV-2. Potem, pod koniec marca, pojawiła się dodatkowa mutacja Spike-A222V (ten wariant zawiera również wcześniejszą mutację Spike-D614G). Szczep z tą mutacją według naszych szacunków jest o blisko 25 proc. skuteczniejszy od poprzednich. To wystarczyło, by w listopadzie stanowił ponad 60 proc. wszystkich wirusów SARS-CoV-2 w Anglii i Hiszpanii.

Kolejne fatalne mutacje zaszły we wrześniu, prowadząc do powstania szczepu VOC-202012/01, od którego zaczęliśmy rozmowę i o którym teraz jest tak głośno.

Bo jest blisko dwa razy bardziej zakaźny.

– Tak. Dzięki temu, że jest tak zakaźny, wyszedł na prowadzenie w Anglii już w połowie grudnia. Ale – co ważne – to nie była kolejna wersja wirusa z marcową mutacją Spike-A222V. To była mutacja starszego, obecnie mniej popularnego w Anglii szczepu. Mutacja

– jak już mówiliśmy – wielokrotna.

I teraz uwaga: na początku grudnia ten nowy mutant złapał jeszcze dodatkowo mutację Spike-A222V. Niezależnie od swojego poprzednika.

Niestety, wygląda na to, jakby skumulował się w nim ciąg złowrogich mutacji. Ma więc mutację, która dawała pierwszemu szczepowi 25 proc. przewagi, i ma też „swoją” przewagę, którą oszacowaliśmy na przewagę blisko dwukrotną. Nie jest oczywiście powiedziane, że te przewagi się dodają, ale można się obawiać, że najnowsza wersja jest jeszcze bardziej ekspansywna.

Na razie za mało jest danych, żeby powiedzieć coś więcej – do tej pory zaraportowano dziewięć genomów z tą mutacją.

Miejmy nadzieję, że przynajmniej ta wersja nie dotarła do Polski.

– Z genomów zebranych w grudniu Polska nie wysłała do bazy GISAID, skąd czerpiemy informacje, ani jednego rekordu. W związku z tym nie mam pojęcia, co się w Polsce dzieje.

Od początku epidemii zgłosiliśmy do bazy 350 genomów. Dla porównania – z Anglii tylko z grudnia zarejestrowanych zostało 12 tysięcy genomów. Ale może coś się zmieni w tym roku, bo – ciekawostka – w sylwestra pojawiło się w bazie 12 nowych rekordów z Polski. Tyle że na razie pochodzą one z próbek zebranych w sierpniu i we wrześniu.

–jest szefem Pracowni Modelowania w Biologii i Medycynie w Instytucie Podstawowych Problemów Techniki PAN. Bada mechanizmy nieswoistej obrony immunologicznej, czyli pierwszej linii obrony, która spowalnia namnażanie się wszelkich wirusów w organizmie. Kilka dni temu wraz z Markiem Kochańczykiem, Grzegorzem Preibischem i Frederikiem Grabowskim opublikował w serwisie medRxiv pracę, z której wynika, że nowy szczep SARS-CoV-2 (określany obecnie mianem Variant of Concern 202012/01, w skrócie VOC-202012/01, a czasem też B.1.1.7) ma potencjał zakażania aż dwa razy większy niż wariant, który w listopadzie dominował w Anglii.