Genomiese meting van inteling sonder optekenfoute
Die monitering en instandhouding van genetiese verskeidenheid is baie belangrik in die opstel van ’n lewensvatbare, volhoubare teelprogram.
Die paring van ouers wat geneties nou verwant is, lei tot inteling wat omgekeerd aan genetiese verskeidenheid verwant is. Hoër vlakke van inteling verhoog die voorkoms van skadelike, terugwerkende genetiese gebreke en verlaag oorlewings- en fiksheidsvlakke.
’n Toename in die intelingskoëffisiënt kan ’n beduidende verskil aan die karkasgewig maak. Hoe groter die intelingskoëffisiënt, hoe groter is die verskil in die karkasgewig. ( FIGUUR 1 ).
STAMBOEKINTELING
Teling tussen volsibbe of halfsibbe sal byvoorbeeld tot ’n verwagte intelingskoëffisiënt van 25% of 12,5% (figuur 1) lei.
Hierdie verwagting is altyd waar vir gevalle waar volsibbe of halfsibbe geteel word. Daar is egter verskille in die verhouding van genoomdeling tussen hierdie diere.
GENOMIESE INTELING
Identiese segmente van die genoom wat uit ’n gemeenskaplike voorouer ontstaan, lê genomiese inteling vas. Dit weerspieël die werklike genoomdeling tussen familielede waar inteling tussen volsibbe kan wissel van 44% tot 65% en selfs nul vir halfsibbe.
In hierdie studie het ons die vlak van inteling in die Afrikaner-ras bepaal deur stamboeken genomiese data te gebruik. Twee genomiese intelingsmaatreëls is oorweeg: Stringe homosigose (ROH) en die genomiese verhoudingsmatriks (GRM).
Die genomiese verhoudingsmatriks vervang gewoonlik stamboekinligting in die geno- miese evaluering van beraamde BLUP-waardes.
Die stringe homosigose is lang, ononderbroke, stringe identiese gene met ’n individuele en weerspieëlde rekord van die demografiese geskiedenis van die ras. Genomiese data wat via die vleisbeesgenomikaprojek ontwikkel is, is vir hierdie doel verkry, waar 166 diere se genotipe deur ’n 150K-paneel bepaal is. Die data wat vir die ontleding gebruik is, sluit 158 diere en 105 823 betekenisvolle genotipemerkers in.
Die meeste individue het kort stringe homosigose wat 1-5 Mb in lengte is ( FIGUUR 2 ). Kort stringe beteken die vlak van inteling is laag.
VERGELYKING BY AFRIKANER
Wat die vergelyking van genomiese en stamboek-inteling by die Afrikaner-ras betref, toon die TABEL ’n opsomming van die inteling wat uit genomiese en stamboekdata bereken is. Die gemiddelde inteling onder die Afrikanerras was naby aan ’n nulsyfer vir alle metodes. Inteling was effens hoër onder stamboekdiere (0,03) as by genomiese meting (0,00).
In FIGUUR 3 wys ons dat genomiese verwantskap veranderlik was vergeleke met verwagte stamboekwaardes, waar die genomiese verhoudingsmatriks (0,47) laer as die stamboekgebaseerde verwantskap (0,50) vir volsibbe was.
By halfsibbe was sommige méér verwant (0,30) en sommige minder verwant (0,23) aan mekaar teenoor die stamboekgebaseerde verwantskap met ’n 0,25-verwantskap vir alle halfsibbe.