Un mapa clave en la guerra Covid
La secuenciación genómica del virus permite el seguimiento de nuevas variantes y definir medidas de control
a secuenciación genómica de las muestras de coronavirus y su traslación a un mapa histórico de incidencia es ahora uno de los recursos más importantes en la lucha contra la pandemia en Andalucía. El nuevo escenario de aparición de variantes del virus hace necesario anticiparse y detectar estas mutaciones que tenderán a multiplicarse cuando el patógeno encuentre más barreras para expandirse, al haber más personas vacunadas.
La Unión Europea recomienda someter a secuenciación genómica entre un 5 y un 10 por ciento de las muestras tomadas de pacientes positivos Covid. En Andalucía actualmente se hace con un 2 por ciento aleatorio de las muestras tomadas en la red de atención primaria y hospitalaria. Estas muestras se remiten a dos hospitales de referencia: el San Cecilio de Granada y el Virgen del Rocío de Sevilla. Gracias a la colaboración de los equipos de asistencia sanitaria y microbiología, salud pública y el trabajo conjunto del Sistema de Vigilancia Epidemiológica con el área de Bioinformática Clínica de la Fundación Progreso y Salud, este sistema ha incorporado a Andalucía en la red de seguimiento internacional de evolución de Covid.
LVariante británica
El sistema permitió detectar la irrupción de la variante británica en el campo de Gibraltar durante la tercera ola y desde entonces se ha ido perfeccionando. Actualmente, el mapa localiza las zonas con mayor prevalencia de esta variante, que ya supone más del 60 por ciento de las transmisiones del virus en Andalucía –con zonas en las que supera el 80 por ciento–, así como los casos aislados de la cepa sudafricana, que junto a la brasileña se consideran variantes de especial interés. Asimismo, ha detectado los primeros casos de la variedad de Uganda y hace seguimiento a sus posibles mutaciones.
Aunque la toma de muestras para secuenciación genómica es aleatoria, se hace por sistema en el caso que se detecten infecciones en personas vacunadas, brotes extraños o que generan más mortalidad, signos que pueden indicar un cambio importante de identidad del virus.
La información generada por el sistema demuestra las peculiaridades que plantea cada zona en cuanto a transmisión del virus. Así, a los expertos les extraña la baja incidencia en Huelva, o la persistencia de alto impacto en Granada durante todas las fases de la pandemia. Sospechan que pueda deberse a la ubicación geográfica, clima y distribución de la población, explica Nicola Larusso, epidemiólogo de la Dirección General de Salud Pública y miembro del comité de expertos que asesora a la Junta de Andalucía sobre la evolución de la pandemia.
La secuenciación genómica y su traslación al mapa epidemiológico resulta fundamental en la toma de decisiones de este comité, para marcar los tiempos de cuarentena o los criterios de aislamiento. «Para acertar en la toma de decisiones se tiene que disponer de información fiable», explica Larusso. La vigilancia y la inmediatez son fundamentales. «Sólo disponiendo de herramientas que nos permitan identificar el aumento de casos en el momento que se producen se puede mitigar el impacto de la transmisión del virus», explica.
En este momento, la preocupación se centra en la variante británica, que es más transmisible. «Nos preocupa porque tiene una tasa de ataque en los brotes más alta en el ámbito de interiores y en el ámbito familiar suele infectar a más personas de lo que estábamos acostumbrados a ver. Eso es extrapolable al ámbito escolar o a las actividades sociales que se desarrollan en interiores».
De la información que ahora ofrece el mapa se deduce que es preciso concienciarse más del mayor riesgo de transmisión en los espacios interiores, lo que indica que se esté hablando de una revisión de las medidas a corto plazo, con propuestas como cerrar el interior de los establecimientos de hostelería a partir de una determinada tasa de incidencia. «Cuando esa transmisión está en fase de expansión se tienen que poner en marcha medidas más restrictivas que ayuden a romper la cadena de transmisión», explica Larusso.
El experto es claro en su análisis: «El debate no es hostelería sí o no, el debate está entre espacio interior y exterior, si hay buena ventilación o no y si se cumplen las medidas de prevención básicas como el uso de la mascarilla. El único factor diferenciador es el consumo de alcohol, que puede hacer que la persona se relaje, pero eso también se puede producir en un ámbito doméstico».
Futuro inmediato
En cuanto a la incidencia en el futuro inmediato, la tesis más clara es que «lo que vaya a ocurrir se va a fraguar esta semana». El epidemiólogo también es contundente en su petición de máxima precaución en el periodo vacacional: «Estamos a tiempo de mitigar los efectos de la cuarta ola. Es cierto que la vacunación está teniendo ya un impacto muy positivo pero, ojo, la mayoría de las personas que ingresan en los hospitales tienen entre 70 y 85 años no están vacunadas y se encuentran en riesgo alto de sufrir un Covid muy grave con riesgo de muerte. No nos queda otra que apelar a la responsabilidad».
Que avance la vacunación es la esperanza. La vacuna funciona, como demuestra la ausencia de casos en las residencias. Sólo se ha registrado un 0,06% de infecciones –leves– en inmunizados. Según Larusso no habrá que esperar al objetivo de inmunidad de rebaño (un 70% de la población vacunada), a medida que aumente la vacunación descenderá el impacto de la pandemia.
El 2 por ciento de las muestras positivas en Covid y todos los casos especiales se analizan