Imputado por ayudas ilegales
La demanda más importante contra Villar es la causa que se sigue contra él por los presuntos tratos de favor de índole económica al Recreativo de Huelva, en la temporada 2014-15 y 20152016, y al Marino de Tenerife en la 2012-2013. Los dos clubs recibieron dinero de la Federación para evitar que desaparecieran o bajaran de categoría, como ha ocurrido con otros muchos clubs profesionales en los últimos años. Hace dos temporadas, el Elche fue descendido de Primera pese a haber salvado la categoría en la tabla. La querella contra Villar fue interpuesta por Miguel Ángel Galán tras aparecer el tema en los medios de comunicación. El presidente de la Federación compareció en la mañana del lunes ante el juzgado de Majadahonda (Madrid) y rebatió la acusación asegurando que no tenía responsabilidades ni competencias en esas supuestas ayudas e insistió en culpar al secretario general de aquella época, Jorge Pérez, ahora su contendiente en unas elecciones para las que no hay fecha. El Recreativo pudo competir porque la Federación Española saldó la deuda con su exentrenador, José Luis Oltra, a través del Comité Nacional de Entrenadores. El pago a los jugadores del Marino se hizo mediante el fondo de garantía salarial. También está imputado Juan Padrón, el poderoso vicepresidente tinerfeño, que no se presentó a declarar.