Núñez ganó sus terceras y últimas elecciones
En las elecciones celebradas en julio de 1997, Josep Lluís Núñez recibió 24.05 votos (76,31%) y se impuso con claridad a su único contrincante, Ángel Fernández, que fue apoyado por 5.209 (16,54%). De los 91.587 socios llamados a las urnas votaron 31.485, lo que supuso un 34,38% de participación. Eran las terceras elecciones que ganaba Núñez, convirtiéndose en el presidente que más años se mantenía en el cargo puesto que siendo reelegido hasta 2002 habría estado 24 años presidiendo el club. Sin embargo, no acabó el mandato ya que dimitió en el año 2000. En el 98, un año después de ganarle las elecciones al propietario de Don Piso tuvo que superar una moción de censura promovida per el Elefant Blau liderado por Laporta.
Núñez ya marcó su favoritismo en la presentación de las firmas de apoyo, con 14.331, frente a las 2.829 de Fernández. Núñez venía mostrando síntomas de agotamiento por las continuas presiones que recibía de la clase política catalana que ansiaba controlar el club, pero le hacía una especial ilusión ser el presidente en el centenario del club, en 1999.
Ángel Fernández, de 39 años y presidente de Don Piso, no recibió el apoyo del núcleo duro de la oposición, que ostentaban Carles Tusquets, Evarist Murtra y Joan Castells, y tampoco convenció a los políticos importantes como Miquel Roca, Josep Lluís Vilaseca y Ernest Lluch. Johan Cruyff, que mantenía un agrio enfrentamiento con Núñez a raíz de su mala salida del club, esperó hasta el final para decidir si apoyaba a Ángel Fernández pero, finalmente, no lo hizo al ver las pocas posibilidades de victoria que tenía. En cambio, Núñez, que con los años fue incorporando a políticos a su junta, acabó recibiendo el apoyo de los poderes fácticos políticos e institucionales, como el presidente de la Generalitat Jordi Pujol; el alcalde de Barcelona, Pasqual, Maragall; el presidente del Comité Olímpico Internacional, Juan Antonio Samaranch, o el primer secretario del PSC, Narcís Serra, entre otros.
Antes de las elecciones, Núñez envió a los socios un libro de 120 páginas en el que ponía de relieve todos los logros económicos y deportivos alcanzados en sus 19 años de mandato frente a los 79 anteriores. Acababa de renovar a Guardiola, amortiguando el efecto negativo de la marcha de Ronaldo con el reconocimiento de la FIFA de que el Inter debía pagarle al Barça un traspaso, cerrando el organigrama técnico con Serra Ferrer y fichando al pistolero Anderson, en lugar de Ronaldo
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