GAMLA OCH NYA METODER

Zoë Fisher utvärderar proteinkristaller i ett vanligt optiskt mikroskop i sitt laboratorium. Röntgenkristallografi är den äldsta och fortfarande i särklass mest använda metoden. Men de vanliga metoderna kan även kompletteras med andra tekniker, bland annat med neutronstrålning – något som Zoë Fisher hoppas jobba med i framtiden. Neutronexperiment kräver speciella anläggningar, som bara finns på några få platser i världen. När ESS i Lund står klart om några år blir det en av de platser där det går att göra sådana försök.

När väl de rätta förutsättningarna har hittats händer det ändå att försöket behöver göras om några gånger innan forskarna lyckas få fram en perfekt kristall utan defekter.

Numera har många laboratorier snabbspår för forskning på just sars-cov-2, så även Max IV. Så fort kristallerna var klara gick det fort att få tid vid en av experimentstationerna, där de bestrålades med det intensiva röntgenljuset som framställs med hjälp av en acceleratoranläggning.

En annan nymodighet under denna speciella tid är att alla experiment görs på distans.

– Det var första gången jag gjorde experiment på det sättet. Det var väldigt häftigt att se hur det funkade. Vi gjorde allt över internet, och kunde styra en robot som bytte ut proverna och stack in dem i röntgenstrålen, säger Zoë Fisher.

När mätningarna väl har gjorts är det en nästan helt automatiserad process att räkna fram molekylens struktur. Väl inarbetade algoritmer används i ett datorprogram för att räkna bakåt från ett abstrakt mönster av prickar till atomernas lägen i kristallen. Bara i vissa svåra fall behöver en expert ingripa för att få fram strukturen.

När Zoë Fisher och hennes kolleger i Lund hade gjort sina mätningar satt Frank Kozielski uppe hela kvällen och räknade fram strukturerna. Bara ett par dagar senare hade gruppen en nästan färdig rapport.

Men alla proteiner låter sig inte enkelt radas upp som kristaller.