Alt katı cami üst katı medrese
Camikısmı,osmanlıdevleti’ninilkdönemlerinde çok yaygın görülen, yan kanatlı ve eyvanlı bir plana sahiptir. Bu tür binalardaki odaların tabhâne (misafirhane) olduğu ve buralarda şeyhlerin barındığı öne sürüldüğü gibi; bu odaların“kadılık dairesi”olduğutahminindedebulunulmuştur.bumekanlarınkonaklamaktançokkur’anvehadisodaklıeğitim verilen, aynı zamanda külliyeyi ziyaret eden devlet büyükleri veya din ve tasavvuf adamlarının namaz aralarındakitoplantıvesohbetleriiçindüzenlenmiş odalar olduğu da düşünülür.
Mihraplı mescide açılan şadırvanlı iç avlu beş bölümden oluşan ve beş kubbesi bulunan son cemaat yerinden iç mekana geçilir. Bu mekanda üstü kubbe ile örtülü bir iç avlu vardır. Avluda bir şadırvan, kubbesinde“aydınlık feneri”denen açıklık bulunur. Avludan iki yandaki altı adet odaya ve beş basamak yukarıda bulunan mihraplı asıl namaz yerine geçilebilmektedir. Mihraplı mescid ile iç avlu arasındaki zemin farkında pabuç koyma nişleri vardır. Ana ibadet mekanının iki yanında içlerinde ocakları ve dışarısı ile bağlantılı altı küçük oda vardır. Benzer camilerde tabhane odaları 16. yüzyıldan itibaren cami mekanına katılmıştır ancak Hudâvendigâr Camii’nde tabhâneler kapalı mekânlar olarak kalmıştır. Ayrıca burada Sultan Murad’ın türbesi de vardır. Babasının başlattığı Rumeli hareketlerinden sonra, Avrupa’ya tertip ettiği fetih seferlerinden, 1. Kosova Savaşı’nda Müslüman olacağını söyleyip, yanına yaklaşan bir Sırplı tarafından kalleşçe şehid edilmiştir. Askerden ölümü saklanmış, yolda kokmasın diye, iç organları Kosova’ya, vücudu da, Bursa, Çekirge sırtlarındaki türbesine getirilmiştir. Bundan dolayı da Padişah 1. Murad, Osmanlı’nın ‘Harp meydanının tek şehid ve aynı zamanda iki tane kabri olan padişah’dır.”