政爭裂解國民黨難解恩仇
不愛國民黨 卻決定入國民黨
為何加入國民黨？李登輝曾在著作「餘生」中透露，他不喜歡國民黨，卻加入國民黨，是因自己潛意識認為「最危險的地方也是最安全的地方！」
1971年10月，李登輝在監察院前院長王作榮推薦下加入國民黨，他後來形容自己加入的政黨「打壓本省人、施行排日教育」，當時他從美國康乃爾大學取得農業博士返國，被時任行政院副院長的蔣經國延攬，李登輝回憶，他與蔣經國見面後，蔣勸他加入國民黨，但是他並不喜歡國民黨，也對政治毫無野心，心情更是五味雜陳。「最後選擇置身於體制內來改革台灣，是因為歷經白色恐怖時代，而我自己的潛意識判斷，最危險的地方也是最安全的地方。」多年後，與國民黨分道揚鑣，甚至反目成仇，李登輝這樣解釋他當初決定加入國民黨的理由。對李登輝而言，國民黨有提拔之恩、改造未竟全功之憾，對國民黨而言，李登輝帶著甩不去黑金包袱之怨，人才、錢財兩失之痛，失去政權的恨。
1988年1月13日蔣經國總統在任內辭世，李登輝繼任，在代理國民黨黨主席之爭，得到宋楚瑜力助，先下一城，包括蔣宋美齡等國民黨內舊勢力落敗，李登輝黨政大權在握，國民黨內部分裂成親李的主流派與非主流派兩大政治派別，開啟國民黨的2月政爭。推動本土化 國民黨首度分裂
2月政爭在連戰內閣上任後落幕，非主流派全面退出國民黨決策圈，國民黨內再無勢力阻止李登輝推動國民黨本土化路線。同年8月，郁慕明、趙少康、周荃、王建煊、李勝峰、李慶華等人組成的新國民黨連線，宣布脫離國民黨成立新黨，國民黨第一次分裂。李登輝執政期間，民進黨逐步取得政治舞台空間，雖是隨著國會改選不可避免的結果。1997年，民進黨提案修改選罷法，增列政黨補助款，公開違反憲法規定立法院不得增加預算支出，卻在國民黨支持下過關。民進黨自此每年可取得高額補助金奧援。凍省逼走宋 國民黨二度分裂
1997年，李登輝推動凍省，被解讀為壓制台灣省長宋楚瑜，曾經情同父子的兩人，自此埋下心結，1999年李登輝強勢運作連戰代表國民黨參選總統，聲勢較旺的宋楚瑜退黨獨立參選。總統大選選戰期間爆發的興票案，重挫宋楚瑜，宋楚瑜最後以30多萬票的差距落選，背後操作者又直指李登輝。
李登輝一手影響下，民進黨在2000年取得政權，宋楚瑜被逼出走，另外成立親民黨，國民黨再度分裂。儘管這一役後
，李登輝也為此離開國民黨，但分裂的國親新三黨，至今未能再次團結。
爛帳一籮筐 國民黨產理還亂
選戰中屢屢被民進黨攻擊的國民黨黨產，是李登輝與國民黨牽扯不清的一筆爛帳。李登輝黨權期間，黑金政治日益惡化，國民黨形象一挫再挫，黨產更成為拋不去的汙名包袱。
國民黨產從李登輝時代總資產1470億元台幣，到馬英九時代淨值剩277億，黨產迅速縮水，起因於李登輝時代投資不當，很多藉黨產進行政策紓困，最後皆血本無歸。
2000年，連戰接任國民黨主席後全面清查黨產，一舉打銷李留下的427億元壞帳，清查黨產真正要打開的黑盒子，是李投資失當的內情。黨產報告臚列李在位時，共30項不當投資的金額與原因，包括中廣土地等多筆投資賤賣黨產
，被質疑以五鬼搬
運的手法掏空黨產。後來李還附和與參加民進黨的黨產公投連署，國民黨內譁然。
從1971年加入國民黨至2001年9月被國民黨撤銷黨籍。30年之間，李登輝曾是國民黨運籌帷幄的最高權力者，也是國民黨質變的最大推手。國民黨給了李成長的養分，李卻藉由裂解國民黨，為他贏得「民主先生」美譽，最後還倒打這個曾經培育他，也是他曾經領導的黨，並親自將國民黨貼上「外來政權」的標籤。最後，他在離開國民黨前說:「國民黨這個龐大的政治體，對我來說已不再
是必要的了。」
李登輝的從政之路，因為故總統蔣經國提拔、在蔣辭世後正式接班，黨政大權一把抓，站上權力巔峰，然而也因為與國民黨一路牽扯的恩怨情仇，李登輝最後被視為分裂國民黨的罪人。