Controvérsias
A ausência de comprovações científicas dos efeitos desse tratamento tornaram-no polêmico na comunidade médica. Mesmo que a prática da ortomolecular não seja proibida no Brasil, o Conselho Federal de Medicina adverte que esta deve ser levada em consideração como uma técnica experimental sobre total ciência do paciente. No entanto, os especialistas nesse ramo afirmam que seus tratamentos e recomendações têm como base muitos estudos significantes sobre nutrição e bioquímica. Também argumentam que a terapia tem menos probabilidade de causar efeitos colaterais perigosos, pois as moléculas usadas são apenas aquelas naturalmente já presentes no organismo.